珠江口水域是我国现存中华白海豚栖息数量最多的水域，估计有1300头左右。但是，由于受人为因素和环境污染等原因，每年都有中华白海豚意外致死。本研究收集了2003年至2006年间珠江口水域搁浅死亡的中华白海豚，对其进行系统解剖、制作剥制标本和骨骼标本。本研究评估了中华白海豚体内微量元素污染情况；研究了中华白海豚的遗传多样性并分析不同群体的种群遗传结构，为加强中华白海豚种群遗传管理，制定有效的保护政策提供科学依据。 本研究测量了珠江口水域(珠海市)12头中华白海豚体内砷(As)、钡(Ba)、镉(Cd)、钴(Co)、铬(Cr)、铜(Cu)、镍(Ni)、铅(Pb)、锌(zn)、汞(Hg)10种微量元素含量。分析结果显示：受试样品中含量最高的元素是Zn，Cu、Hg次之，As、Ba、Cd、Pb含量较低，Co、Cr、Ni含量最低；含量较高的组织器官是肝脏和肾脏，其余各组织器官中的微量元素含量分布不尽相同。珠江口水域中华白海豚对不同微量元素的富集系数(CF)相差很大，Hg最大，达到41862.1，依次为Zn、Cd、Cu、Pb、As、Cr最小，仅为121.3。根据Kenaga的观点，本研究提出珠江口水域中华白海豚对水体中的Hg、Zn、Cd、Cu、Pb、As等具有潜在的富集作用，但不同的微量元素有不同的积累特点，Hg、As、Cd、Pb的积累主要受食物链逐级积累的影响，Co、Cr、Ni的积累主要受生物体自身生理特点的影响，而Cu、Zn则受两者的影响。与文献报道的中国其它水域中华白海豚体内微量元素含量进行比较，发现珠江口水域的As、Pb比厦门港和广西北海的都要高，广西北海的Hg、Cd(除肌肉中低于珠江口)含量全部明显高于其它2个海域，Zn、Cu在三个水域中没有明显的分布差异。评价了珠江口水域中华白海豚体内微量元素污染程度，认为珠江口水域中华白海豚受到一定程度的As、Hg、Cd、Pb污染，不存在Co、Cr、Cu、Ni、Zn污染，但中华白海豚体内Ba含量应引起关注。 成功扩增了35头中华白海豚长约447 bp的12S rRNA序列片断和43头中华白海豚长约568 bp的16S rRNA序列片断。在12S rRNA序列中，发现了5个变异位点，定义了2个单倍型，其单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.161±0.079和0.00182±0.00089；在2个12S rRNA单倍型中，单倍型A是最常见的，除了厦门群体的XM02、XM05和XM06是单倍型B之外，其余全部都是单倍型A。在16S rRNA基因中，发现了2个变异位点，定义了2个单倍型，其单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.136±0.068和0.00048±0.00024；除了厦门群体的XM02、XM05和IXM06是单倍型B之外，其余39个个体都是单倍型A。根据mtDNA 12S和16S rRNA的变异情况，中性突变假说在中国水域的中华白海豚群体得不到验证。分析了12S和16S rRNA序列四种碱基组成，发现存在明显的偏向性，AT含量明显高于GC含量(p<0.05)。发现中华白海豚mtDNA 12S和16S rRNA的基因突变方式均是转换，说明中华白海豚种内的分化程度很低，目前还没有形成种内分化。而通过计算3个种群间的遗传分化程度，发现基于mtDNA 12S和16S rRNA统计获得的Fst和φst均未达到统计学显著水平，也表明中华白海豚3个群体之间并没有产生显著的种内分化。 构建了海豚科线粒体DNA 12S和16S rRNA的系统发生NJ和UPGMA树，结果都显示中华白海豚的12S rRNA 2个单倍型A、B聚类在一起，与真海豚(Delphinusaetphis)、宽吻海豚(Tursiops truncatus)距离最近；16S rRNA的单倍型A与宽吻海豚聚类在一起，单倍型B则与真海豚聚类，而且它们之间都只有较低的bootstrap值区别开来。海豚科内，每个物种都与江豚区别开来，除了虎鲸(Orcinusorca)和伪虎鲸(．Pseudorca crassidens)的12S rRNA外，每个物种的12S和16S rRNA序列都只有较低的bootstrap值(>50﹪)区分于其它物种的相应序列。另外，按传统分类学认为，广西北海海域存在包括中华白海豚、黄氏海豚、印度洋白海豚3种白海豚属动物。但分子系统分析结果显示：广西北海海域的标本均属同一个物种。分子系统学研究显示：中华白海豚在海豚科中的分类地位，并不是按照传统分类学认为的接近于Sotalia、Steno，而是更接近于同样分布于热带亚热带海域的Delphinus、Tursiops、．Stenella等海豚属。