论文部分内容阅读
悬蹄在猪的不断进化过程中退化严重,主要作用在于辅助主蹄承受猪的体重以及维持其身体平衡。当母猪悬蹄过度生长时,极易发生机械损伤,进而造成无法站立及饮食,继发引起怀孕母猪流产、哺乳母猪营养不良等,从而对母猪和后代仔猪的各方面性能产生影响,也导致母猪过早的被淘汰,给养殖企业带来了巨大的经济损失。但是,目前母猪悬蹄过度生长的分子遗传机理尚不清晰。为解析大白母猪猪悬蹄过度生长的遗传机制,本研究对242个悬蹄正常大白母猪个体和233个悬蹄过度生长大白母猪个体进行Illumina 80K SNP芯片分型,利用GEMMA软件开展基于单变量混合线性模型的病例-对照的全基因组关联分析,并以Bonferroni校正法确定显著性阈值。结果显示检测到7个染色体显著水平的SNPs（P<1.99E-05）,并将影响悬蹄过度生长的QTL定位到13号染色体上位于140.69Mb和143.12Mb之间的2.43Mb区域内,其中最显著关联的SNP位点WU10.213143119423位于基因N RROS的第一内含子内（P=1.09E-06）。为进一步缩小QTL区间,采用了单倍型框分析和连锁不平衡分析进行精细定位。最终将QTL定位到了一个141.29Mb到143.28Mb之间跨度为1.99Mb的区域内,这是本研究当前得到的最小的QTL区间。通过在Ensembl数据库对上述QTL区域进行搜寻,该区域共包含17个基因,可作为悬蹄过度生长的候选基因进行后续研究。其中,APOD基因在人类皮肤的角质层表达,且跟皮肤的部分遗传疾病的角质化相关,与悬蹄过度生长发病机理相关性很高。APOD基因可作为潜在的重要候选基因在后期致病基因的鉴别中重点关注。在候选基因APOD的外显子区域及上游1kb共检测到9个SNP位点。其中,预测的转录起始位点位于插入缺失突变SNP c.ins/del51（13:142075529-142075580）内,而c.A>G（13:142076039）位于预测转录因子活性区域内。本研究首次发现了影响大白母猪悬蹄过度生长的QTL和候选基因,为后期致病基因和关键突变位点的鉴别奠定了基础,为母猪悬蹄过度生长的分子遗传机理的解析提供了参考和铺垫。