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羊鲍有较高的营养和药用价值，含多种维生素和微量元素。由于海区污染和过度捕捞，导致羊鲍资源受到严重破坏。本研究采用磁珠富集法，开发了9对羊鲍高多态微卫星引物，并应用微卫星分子标记技术对海南3个羊鲍群体进行遗传多样性和遗传分化研究，且分析了羊鲍和耳鲍线粒体Cytb基因片段序列的差异。以期为羊鲍种质资源的良种选育、可持续利用和保护提供科学依据。采用磁珠富集法，利用生物素标记的(GT)15、(CT)15混合寡核苷酸探针从羊鲍的基因组DNA的MboI酶切片段中筛选300～900bp的微卫星序列。将洗脱的杂交片段克隆到pMD19-T载体上构建富集微卫星基因组文库，通过PCR筛选检测出阳性克隆进行测序。挑取576个克隆检测，取150个片段大小为500~1000bp克隆测序，从中设计了40对引物。以海南英州群体为研究对象，对引物进行多态性检测，共检测出12对多态引物，其等位基因数为2～5个，多态信息含量为0.153～0.637，观察杂合度为0.0000～0.7857，期望杂合度为0.0734～0.6019。多态性分析结果显示，9对引物均具有较高的多态性，适合进行群体遗传学研究。利用本实验所筛选的9对微卫星引物，对我国海南3个羊鲍野生群体的遗传结构进行研究，分析了各群体内的遗传多样性和3个群体间的遗传分化。羊鲍3个群体平均每位点等位基因数（A）介于2.7778～3.5556之间，平均为3.2593；平均每位点有效等位基因数（Ae）介于1.8662～2.0512之间，平均为1.9322；多态信息含量（PIC）介于0.4596～0.5434之间，平均为0.4978；观察杂合度在0.3650～0.4259之间，平均为0.3964；期望杂合度在0.4274～0.4779之间，平均为0.4480。群体间遗传距离（D）介于0.0174～0.0256之间，遗传分化系数（Fst）为0.0178，3个羊鲍群体间遗传分化较小。微卫星分子标记技术分析结果认为，我国海南羊鲍群体遗传多样性处于较低水平，野生羊鲍资源受到破坏，应及时采取有效的保护措施，以期为羊鲍种质资源鉴定和保护和可持续发展提供科学依据。聚类分析显示，英州群体与亚龙湾群体先聚为一类，再与安游群体聚为一类。通过PCR扩增、测序羊鲍和耳鲍的线粒体Cytb基因片段序列。结果表明，羊鲍3个群体间的Cytb片段碱基组成含量较为相似，A+T含量（平均为58.9%）也较为相似，高于G+C含量。羊鲍和耳鲍间碱基组成也较为相似。羊鲍3个群体间的遗传距离为0.007～0.019。羊鲍与耳鲍间的遗传距离为0.113。聚类分析显示，羊鲍和耳鲍聚为两大支，羊鲍三个群体聚为一支，耳鲍聚为一支。