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主要组织相容性复合物(MHC)是由紧密连锁的高度多态的基因位点所组成的染色体上的一个遗传区域，它在脊椎动物机体的免疫系统中发挥着非常重要的作用。本研究采用PCR-RFLP方法对牛乳中体细胞数各不相同的北京荷斯坦母牛MHC Ⅱ类基因座位DRB3进行了分子遗传学检测，克隆了其第二个外显子的全长核苷酸序列，并将北京荷斯坦牛BoLA-DRB3基因核苷酸序列和氨基酸序列与蒙古牛、人类HLA-DRB3、瑞典红白花牛、蒙古绵羊、西班牙山羊DRB3基因核苷酸序列以及氨基酸序列进行了同源性比较。得到以下结果： 1．北京荷斯坦牛DRB3基因第二外显子的第150，154，173，182和202位的碱基存在多态性，其中BstYⅠ和HaeⅢ酶切位点分别由2(A、B)和5(A、B、C、D、F)种等位基因控制，基因频率分别为：0.20，0.80；0.6570，0.0990，0.0290，0.1739，0.0411。综合两种酶切结果，共检测到北京荷斯坦牛DRB3基因的7种等位基因。x~2适合性检验表明，北京荷斯坦牛DRB3基因的BstY Ⅰ酶切位点已经达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)，Hae Ⅲ酶切位点未达到Hardy-Weinberg平衡状态(P＜0.01)。 2．利用最小二乘法拟合线性模型对不同标记基因型间体细胞数差异显著性检验结果表明：Hae Ⅲ酶切基因型AD所对应的体细胞数评分最小二乘平均值最低，基扬州大学硕士学位论文因型AC所对应的最小二乘平均值最高，但它们之间的差异不显著;AD基因型所对应的体细胞数评分最小二乘平均值显著低于AA基因型所对应的体细胞数评分最小二乘平均值(P<0.05);体细胞评分最小二乘平均值在Haelll其余基因型之间没有显著差异。Hae mAA基因型与高的体细胞数评分显著相关。BstYI酶切基因型AA所对应的体细胞数评分最小二乘平均值最低，基因型BB所对应的体细胞数评分最小二乘平均值最高:并且AA基因型所对应的体细胞数评分最小二乘平均值显著低于AB、BB基因型所对应的体细胞数评分最小二乘平均值(P<0.01);体细胞数评分最小二乘平均值在BstYI其余基因型之间没有显著差异。BstYI酶切基因型BB与高的体细胞数评分显著相关。 3.北京荷斯坦牛DRB3基因核昔酸序列以及氨基酸序列与蒙古牛、人类HLA·DRB3、瑞典红白花牛、蒙古绵羊、西班牙山羊之间的DRB3基因核昔酸序列同源性以及氨基酸序列同源性均比较高。