基因调控网络重构与关键基因识别方法研究及其在白血病中的应用

来源 :华中科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:chuanqi111
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
白血病是一种常见造血干细胞恶性肿瘤疾病,具有复发率高、机制复杂的特点,并且会带来多种并发症。通过药物的靶向治疗可以控制疾病的发展,且对正常细胞影响很小,但是该方法需要针对已经明确的致癌位点进行治疗。由于目前还未清楚白血病的发病机理,许多潜在的与疾病相关的关键基因尚待探究。仅仅使用传统的生物学实验来识别关键基因的效率很低,而利用生物信息数据,结合计算机科学、复杂网络科学及数据挖掘等技术则避免了这一缺点。为了寻找白血病潜在的治疗靶点,本文主要从白血病的基因调控网络、基因共表达网络及网络可控性对其分析,筛选出与白血病相关的关键基因,具体的工作内容概括如下:1)首先为了构建一个更精准的基因调控网络,本文提出了基于deepwalk的基因网络重构算法,可以引入新的有效的生物信息数据,并且可以避免使用高维稀疏特征。通过在真实数据集上与目前的重构模型做对比实验,验证方法的可行性与有效性。本文依据以上算法构建了白血病基因调控网络,并基于该网络的拓扑结构寻找到10个关键基因。2)加权基因共表达网络分析(WGCNA)是另外一种寻找关键基因的重要方法,该方法在疾病与性状或基因的关联分析中被广泛使用,其假设基因网络服从无标度分布,这样构建的网络更具有生物意义。实验结果表明WGCNA方法可以发现有生物意义的模块,最终我们筛选了3个模块中的223个高连接度基因,并且部分基因与文献报导相吻合,说明了这些基因与白血病的发病机制有重要关系。3)网络的结构可控性分析是一种动态分析方法,基于图的最大流匹配算法可以找到白血病基因网络的最小驱动节点集,通过删除节点后网络最小驱动节点集大小的变化将节点分为neutral节点和dispensable节点。之后通过两类节点在重要生物数据集上的富集性分析及两类节点的鲁棒性分析,我们发现neutral节点对网络的影响较大,因此neutral节点更有潜在的研究价值。
其他文献
【正】 1871年的巴黎公社,是无产阶級專政的第一次历史实驗,并且就其实質而言,是俄国苏維埃政权的雛型。馬克思的无产阶級革命学說的基本要义在巴黎无产阶級革命中得到了充分
随着电子商务的快速发展,快递包装已成为一种环境公害。对快递包装进行立法有助于规范商家行为,促进社会公众形成绿色消费观念,对其他包装立法也能产生良好的比照和带动效应
自叙事研究开始应用于教育教学中以来,在国内的大中小学的心理健康教育和教师教学中产生了较好的作用以及许多值得总结的经验。讨论叙事研究在教育教学中的应用成果,从学校心
针对港珠澳大桥江海直达船航道桥索塔处钢箱梁段安装施工实例,采用中央单索面三塔钢箱梁斜拉桥,钢箱梁主梁设2.5%的双向横坡,其中,索塔处T1、T2、T3、S1、M1五个梁段需搭设支
共享单车作为共享经济发展的重要形式和解决城市市民交通“最后一公里”问题的重要方式,在方便人们出行的同时,也有效地缓解了一些长期困扰城市发展和管理的问题,产生了良好
语言是文化的载体,要想学好一门语言,必须真正了解语言中所包含的文化含义。但是由于我国的应试教育,致使高中英语教学成为了"哑巴式"英语,教学过程中文化意识淡薄。为了高考
红豆杉属植物作为世界56种濒危珍稀药用植物之一,化学成分类型丰富,其中特征性和主要活性物质紫杉烷二萜具有抗肿瘤、抗炎镇痛、抗菌、抗惊厥、抗血小板聚集、抗阿尔茨海默症等多方面药理作用。2017年Nguyen H X等发现其还具有优越的降糖活性。欧洲红豆杉(Taxus baccata L.)为红豆杉科红豆杉属植物,主要分布于欧洲各国,是紫杉醇原料药的一大来源。鉴于近五年国内外对欧洲红豆杉的研究空白,且
时间同步是无线传感器网络的关键技术之一。基于定时响应的时钟同步估计方法是近年来备受关注的新型时钟同步方法,该同步机制在实现同步的过程中,不需要专门的同步报文携带时间戳进行交互,在普通的数据包收发过程便可获得时钟同步参数的估计量。因此,基于定时响应的时间同步方法具有同步开销低、安全性高、易于把时间同步参数估计嵌入到现有网络流量中等优势。但是,目前所提出的免时间戳时间同步协议需要跟随数据包,相应的同步
目的:了解辽宁省本溪市麻疹疫情的流行特征及主要影响因素;掌握本溪市消除麻疹工作的进展情况。为本溪市麻疹防控及消除麻疹工作提供科学依据。方法:对“麻疹监测信息报告管
2015年,湖南省长沙市提出创建儿童友好型城市,并将其列入城市发展和教育发展规划之中,在全国率先出台《长沙市儿童友好型学校建设导则》,强调"儿童优先、儿童平等、儿童参与"