土壤微生物在土壤碳循环及养分转化等生物地球化学循环过程中起着驱动作用,对于维持陆地生态系统功能至关重要。森林作为全球最大的生态系统之一,其碳储量几乎占土壤碳库的一半。森林土壤碳库是土壤有机碳库的重要组成部分,在全球碳循环中非常重要。由于森林的碳源汇功能及其对全球变化的敏感性,使得森林在最近几年成为微生物生态学研究的焦点。凋落物和根系是陆地生态系统碳输入的重要方式,植物通过光合作用吸收大气中的二氧化碳合成有机物质,并通过地上凋落物和地下根系两种碳输入方式以及二者的相互作用共同影响土壤碳的收支及碳循环过程。凋落物、根系分泌物通过改变土壤理化性质调节着土壤微生物群落组成。全面了解土壤物理化学性质如何驱动微生物群落结构组成对碳输入的响应,将提高我们对土壤碳循环的认识。为探讨不同森林类型凋落物和植物根系对土壤微生物群落结构的影响（对照、凋落物添加、凋落物去除、断根、断根加凋、断根去凋）。本研究在中国亚热带-暖温带地区40年生的针叶林、阔叶林和针阔混交林中进行凋落物和根系处理实验。利用磷脂脂肪酸分析方法研究凋落物和根系对土壤微生物群落结构的影响。采用主成分分析法和冗余分析法确定各真菌、细菌等微生物量丰度与环境土壤性质（如:土壤pH、碳、氮和碳氮比值）之间的关系。对于凋落物和断根这两种碳输入途径,综合三种林型的结果,碳输入方式对土壤总有机碳、总氮和pH均没有影响,凋落物添加增加土壤铵态氮和硝态氮含量,凋落物去除使土壤湿度、pH、硝态氮、铵态氮、总氮和总有机碳含量降低,并且也分别降低土壤微生物生物量碳、氮20.06%和17.32%。凋落物去除降低总微生物量和真菌生物量分别为11.8 nmol g^-1和0.24 nmol g^-1。凋落物添加对土壤微生物群落结构没有显著影响。不同的碳输入方式对革兰氏阳性菌、阴性菌和革兰氏阳性菌与革兰氏阴性菌的比值没有影响。断根分别显著降低土壤微生物真菌0.69 nmol g^-1,细菌0.78 nmol g^-1,丛枝菌根0.02nmol g^-1。断根导致微生物生物量碳和微生物生物量氮的含量分别显著降低16.24%和19.93%。对比三种森林类型,针阔混交林的微生物生物量碳和总微生物生物量,细菌,真菌含量高于针叶林和阔叶林。阔叶林的微生物生物量碳含量以及总微生物生物量、真菌和细菌的丰度都是最低的。本研究表明,断根对土壤微生物群落结构和土壤物理化学性质的影响比凋落物的影响更强。地上碳输入方式更倾向于通过影响土壤物理化学性质来影响微生物群落结构,并且相对于凋落物添加,凋落物去除对微生物群落结构的影响更大。本研究对于探究全球土壤微生物群落结构以及森林土壤碳循环具有重要意义。