长三角都市圈创新体系是指在以上海为中心,包括江苏的南京、苏州、无锡、常州、镇江、南通、扬州、泰州以及浙江的杭州、宁波、湖州、嘉兴、绍兴、舟山和台州在内的长三角都市圈的创新体系。近年来,长三角都市圈创新体系的建设已经取得长足的进步,在我国的创新体系的建设和发展中一直处于领先地位。本文在区域创新体系理论和评价理论的基础上,研究了以下三个方面的内容:(1)在对长三角都市圈创新体系现状和建设意义进行分析的基础上,本文首先从投入与产出的角度,选取了环境层面、核心层面以及特征层面构建了长三角都市圈创新评价体系。(2)基于长三角都市圈1996年至2005年创新体系发展的有关数据,在评价体系中利用因子分析法从投入与产出的角度对长三角都市圈创新体系的发展进行综合评价,总结出长三角都市圈创新体系投入与产出的重要指标。(3)将上面得到的评价结果进行标准化,再建立长三角都市圈创新体系资源配置效率的DEA模型,通过模型将投入产出状况进行分析,得出近十年来长三角都市圈创新体系资源配置效率的演化规律。最后,针对产生这些规律的原因进行了评价与分析,并提出了相应的对策与建议。