从《城市房屋拆迁管理条例》到《国有土地上房屋征收与补偿条例》的变迁是我国国有土地上房屋征收与补偿法律制度的巨大进步，蕴含着丰富的私权保护理念，贯彻了《宪法》和《物权法》的财产权保护精神。立法上的进步有利于减少国有土地上房屋征收领域产生的极端暴力事件，能够促进社会和谐。但是我们也应清醒地看到，国有土地上房屋征收与补偿制度依然存在一定不足，市场化补偿、契约化补偿理念还没有得到充分贯彻，假借公共利益之名扩张公权力，侵害私权利的现象依然时有发生，这一切均有待制度变革。鉴于此，在物权保护理念下，本课题试图以市场化补偿为核心，对国有土地上房屋征收与补偿制度进行重新解读，主要以契约化补偿为精神内涵，反思传统征收与补偿理论的误区，强调物权保护理念，并就现有的房屋征收与补偿条例之完善展开深入的探析，其意义在于通过物权保护机制实现对行政公权的对抗，促进规范行政的同时也有助于实现私权利保护。　　在研究内容上，本课题主要分为四大部分，第一部分是绪论。绪论部分主要交代了本课题的研究背景、学术界的研究成果、本课题的主要研究内容、写作方法和创新点等，作为全文研究工作的起点;第二部分是国有土地上房屋征收市场化补偿的理论依据。本部分首先批判了传统的行政征收理论，认为传统理论虽然强调征收必须补偿，具有进步性，但是蕴含了公益优于私益、国家优于个人的理念，与当代私权保护的精神与理念不符，极易造成国家假借公共利益侵害私权利的现象。在行政征收与补偿理论的发展中，必须引入私权保护理念，认可公共利益与私人利益的可交换性，并对传统的单向性的征收制度进行契约化改造;第三部分是国有土地上房屋征收市场化补偿的现状。本部分主要从立法现状和实践现状两个层面分析了我国当前在国有土地上房屋征收与补偿实践中的立法规定以及实践中存在的问题。本部分首先采用规范分析的方法对《国有土地上房屋征收与补偿条例》中有关市场化补偿的核心条文、相关司法解释以及地方政府的立法进行了解读，认为当前国有土地上房屋征收与补偿已经确立了市场化补偿原则，其目的是保护被征收人的合法权益，具有进步性;但是在实践中依然存在诸多疑难问题，如被征收房屋的价格发现不充分、国有土地使用权补偿被有意或无意地忽略、淡化、征收补偿款发放不及时导致被征收人权益遭受损害、生活标准不在补偿范围内不利于被征收人权益保护。其中，国有土地使用权补偿的缺位和被征收房屋价格发现的不足是重点，反映了当前国有土地上房屋征收与补偿制度与物权保护的目标还存在一定的距离;第四部分是国有土地上房屋征收市场化补偿制度完善。本部分主要以物权保护为主要的价值目标，强调国有土地上房屋征收必须充分保护被征收人的民事权益，不能以公共利益之名要求被征收人作出特别牺牲，完全符合“谁征收、谁补偿”的原则以及财产权保护的宪法理念。在研究内容上，本部分认为国有土地上房屋征收与补偿制度的完善，首先需要顶层设计，使国有土地上房屋征收与补偿在语境与制度上切换到“国有土地使用权征收”即“建设用地使用权征收”上，而房屋价格的补偿只不过是建设用地使用权征收补偿中的一部分。在具体的论述过程中，本部分重点就建设用地使用权征收与补偿中的具体问题如价格评估、补偿范围与标准、补偿程序以及新旧制度的对接等内容展开了探讨，特别就建设用地使用权征收制度的契约化构造展开了探讨，其目的是对现有的国有土地上房屋征收与补偿进行彻底的重构，从而在学理上消除理论争议，在实践中消除执行障碍。　　在撰写论文的过程中，笔者坚持认为当前《国有土地上房屋征收与补偿条例》比之于旧有的相关条例具有极大的进步性，但是所谓的新条例仅仅具有过渡性质，尚不具备承担市场经济条件下协调行政征收与物权保护冲突矛盾的功能。在我国确立有偿使用国有土地相关制度的背景下，房屋行政征收的表象不能掩盖土地使用权征收的真相，因此在制度改革过程中应尽早从房屋所有权征收切换到土地使用权征收上，如此才符合市场经济原则，并实现行政征收中的物权保护。本课题以物权保护的视角审视了当前的房屋征收与补偿制度，认为当前的房屋征收与补偿实践中出现的种种问题，皆可归因于立法错位。因而为了充分实现对被征收人合法权益的保护，应首先在制度安排上进行顶层设计，实现制度纠偏，方能有效地保护被征收人的合法权益。在制度构建过程中，我们应坚持这样的理念，即公共利益与私人利益之间存在可交换性，两者之间的区别仅仅是权益享有主体的不同，公共利益并没有特殊之处，亦不存在任何神秘之处，有必要对公共利益进行祛魅，反对公共利益绝对优先于私人利益的做法，更反对假借公共利益之名扩张公权力侵害私权利。在国有土地上房屋征收与补偿问题上，应坚持土地使用权补偿为核心内容，反对以房屋补偿替代土地使用权补偿，并应认可征收部门与被征收人之间的协商议价空间，以此作为征收制度契约化改造的核心。总之，国有土地上房屋征收与补偿法律制度的完善尤其是市场化补偿原则的实现，有赖于从方法与制度到制度与细节的彻底重构。