鳗弧菌是水产病害中最常见的细菌病原，可感染鱼虾贝等多种水生动物，对养殖业造成巨大经济损失。鳗弧菌的基因组尚未阐明。本文开展了临床致病鳗弧菌株M3(血清型O1)和非致病标准菌株ATCC43308(血清型O4)的全基因组序列测定、基因组和转录组比较分析，为从整体了解鳗弧菌的生态、生理及致病机制打下基础。　　 首先用Roche454 FLX Titanium测序得到的序列信息进行基因组骨架组装，然后用AB SOLID测序得到的序列信息进行高覆盖度测序补洞、scaffold搭建及延伸，完成拼接组装，对所获DNA序列进行了全面的生物信息学分析。分析结果显示：M3形成了23个scaffold，contig N50长度为334.6kb，基因组总G+C％含量为44.5%，预测并注释成功的CDS(coding sequence)总数为4009个，CDS平均长度为295aa;含48个tRNA和3个16s-23s-5s rRNA。ATCC43308有15个scaffold，N50长度为240.6kb，基因组总G+C%含量为44.4%，有3820个注释过的CDS，平均长度为293aa，含有49个tRNA和3个16s-23s-5s rRNA。两株菌中注释的约27%CDS都是参与细胞的生命运动代谢过程，包括氨基酸转运和代谢，糖脂的代谢，DNA复制与修复，RNA转录与调控等；约10%CDS与毒力相关，包括粘附素，菌毛，分泌系统和转运系统等。两株菌存在较丰富的水平转移遗传元件，在M3和ATCC43308分别发现28和14个插入序列(IS)、21和19个Tn及18和9个prophage序列成份。　　 在详细分析两株菌基因组特征基础上，对它们进行了比较基因组研究，发现了鳗弧菌的代谢机制及致病性/毒力强弱的特征。M3基因组比ATCC43308大约230kb左右，而M3注释的CDS比ATCC43308多190个。其中差异基因较多的主要集中在参与信号传导过程、酶代谢、细胞菌膜形成和外膜蛋白以及假定蛋白和COG未包含的蛋白方面。两株菌中均发现了新的溶血素和金属蛋白酶及与T6SS相关基因。结果表明，ATCC43308缺失了荚膜多糖转运系统基因簇wza-wzb-wzc，使得荚膜多糖不能正常输送到胞外；M3中存在更多的有激活转录成份的IS序列，有利于更多基因的表达，并且在M3中发现了T3SS成份，而这些都与细菌的毒性密切相关，推测可能与M3致病性有关。　　 在转录组测序方面，对M3和ATCC43308基因表达量进行了比较，发现了191个表达有显著差异的基因，其中也包含与致病性相关的毒力因子。　　 由于鳗弧菌对养殖的严重危害，已有很多方法对其进行检测，如荧光PCR，免疫探针，血清学等。本文根据M3和ATCC43308以及NCBI上已公布的弧菌属全基因组序列，利用toxR-toxS两成份系统序列保守性设计了引物，建立了针对鳗弧菌、溶藻胶弧菌、哈氏弧菌、副溶血弧菌、创伤弧菌和霍乱弧菌六种水产常见病原微生物的多重PCR快速检测方法。结果表明，多重PCR引物特异性强，与其他弧菌及非弧菌无交叉反应，检测灵敏度为10-100 CFU，同时也对临床病料进行了检测，证明该多重PCR效果确实。