我国的自然资源属于稀缺状态,并且粗放型的经济增长方式造成了自然资源的严重浪费,阻碍了我国经济的进一步发展,党和国家早已意识到这一威胁,因此十八届三中全会指出要开展领导干部自然资源资产离任审计。这是一种新型的审计模式,由于缺乏经验,目前还没有形成系统的审计程序。全国各个地区在国家审计署的带领下,根据本地区所拥有的自然资源情况,纷纷开展试点工作。本文从两方面入手,以理论为基础,并结合审计试点工作探索这一新型审计存在的问题及原因。通过大量的文献综述,对自然资源资产离任审计的理论基础和相关概念有了更深层次的认识,为实践研究工作打下了坚实的基础。在实践研究方面,结合我国部分省份开展的试点工作,深入分析了现阶段开展离任审计存在的问题,分别从基础数据、产权、问责机制、指标体系、评价方法和审计力量六个方面论述了存在的问题和原因。最后,针对存在的这些问题,分别提出了相对应的审计对策和建议,并提出可以采用模糊层次分析法来改善指标评价方法。现阶段学者主要研究自然资源资产的基本理论,往往忽视了结合实践工作,本文将两者相结合,系统全面的研究其存在的问题及对策,希望能为之后工作的开展提供一定的借鉴。