为了探讨科尔沁草甸草地不同利用方式对土壤固氮菌和氨氧化菌微生物多样性的影响,本研究选取科尔沁天然草甸草地及毗邻的改变为林地、旱田、水田的地段为研究对象,采用PCR-DGGE并结合克隆等技术对不同利用方式下土壤固氮菌nifH基因、氨氧化古菌(AOA) amoA基因以及氨氧化细菌(AOB) amoA基因的多样性进行了研究。结果表明,草甸草地利用方式的改变对土壤固氮菌和氨氧化菌群结构和多样性产生了影响。nifH基因多样性指数差异不明显,大部分优势菌相同,只有小部分优势菌转为非优势,而水田产生新的优势菌种；鉴定出的固氮类群包括γ-变形菌纲的圆褐固氮菌(Azotobacter chroococcum),a-变形菌亚纲(α-Proteobacterium)的中华根瘤菌(Sinorhizobium)和δ-变形菌纲(δ-proteobacterium)中普通脱硫弧菌(Desulfovibrio vulgar is),其中圆褐固氮菌占主体。AOA的amoA基因多样性指数表现为旱田>林地>天然草地>水田,草甸草地改变为林地、旱田、水田后AOA群落结构变化显著,优势菌差异明显,草地的一部分优势菌在其它样地中演变为非优势菌,而非优势菌在其它样地转变为优势类群。鉴定出的AOA菌群均为泉古菌门Crenarchaeota的土壤分支。AOB的amoA基因多样性指数为天然草地>林地>水田>旱田,AOB群落结构变化显著。鉴定出来的AOB菌群包括β-变形菌纲(β-proteobacterium)中的亚硝化螺菌属(Nitrosospira)和亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas),其中天然草地和林地的亚硝化螺菌和亚硝化单胞菌分布均等,而旱田则转变为以亚硝化螺菌为主,水田以亚硝化单胞菌为主,优势菌群发生变化。总体来看,草地利用方式的改变对固氮菌多样性未产生显著影响,而对氨氧化菌的多样性产生了明显的影响。天然草地和林地保持相对较高的微生物多样性,群落结构较稳定,而改变为旱田和水田后土壤固氮菌和氨氧化菌菌群结构发生更替,进而影响了土壤氮素的循环过程。