宋代福建地区具有一定规模的祠庙创建十分不易,一座祠庙里往往同时祭祀多尊神灵,不能武断地认为祠庙建立时间即为奉祀湄洲神女的时间。众多祠庙中,除了少数创建之初即奉湄洲神女为主神,更多的祠庙应该是湄洲神女与其他神灵同处一庙。后来,因为湄洲神女信仰的发展,一些祠庙中的主神慢慢转变为湄洲神女。随着南宋海上交通运输和商贸的发展,湄洲神女信仰渐渐传入江南地区,由于江南地区较其他地区更为浓厚的龙神（王）崇拜,湄洲神女在当地有了龙女美称,而临安长期存在潮患的现实,使得湄洲神女增加了抗潮护堤的威能。南宋时期,在湄洲神女频繁得到朝廷加封的同时,朱子学说开始在福建等地大范围传播,而朱子后学基于对儒家经典的不同理解,在对待湄洲神女信仰的态度上,截然区分为排斥与褒崇两种态度,从一定程度上说,真德秀等朱子后学对湄洲神女信仰的褒崇,保证了湄洲神女信仰的广泛传播。宋代至今,湄洲神女（元明称天妃）一直具有复合神格,其乡土保护神形象长期延续下来。由于元代从海路运送东南地区粮食供应大都的需要,元代天妃在海上的灵应突出表现为海上护漕,在官方的大力推动下,淮河以北开始涌现较具规模的天妃祠庙,天妃正式成为全国性海神（拟海之神）。到了明代,由于运河代替海路成为漕运的主要途径,天妃在海上的灵应突出表现在护佑航海的使者,天妃的全国海神形象继续得到官方认同,但是民间渐渐开始超过官方成为推动天妃信仰传播的主要力量,天妃神格从拟海之神转换为司海之神。