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麒麟菜是一种珍贵的热带和亚热带海洋藻类海藻，生长在海底珊瑚礁上，有“海底庄稼”之称，是制造卡拉胶的原料。为保护麒麟菜自然资源与开发利用，原广东省海南行政区在文昌、琼海建立了麒麟菜自然保护区，保护区面积约130km2。但近十几年来，由于各方面原因，麒麟菜资源出现衰退，麒麟菜的面积在逐步下降。我国对麒麟菜的研究还相当薄弱，国内与麒麟菜相关的科学研究较少。人们对麒麟菜在海洋生态系统中的重要性认识不足，缺乏保护麒麟菜及其生存环境的意识，更缺乏保护麒麟菜的管理措施。
因此，本文通过对麒麟菜保护区、文昌市楼前港、东郊椰林近岸海域的的温度、盐度、pH值、COD、溶解氧、营养盐、浮游动物和底栖生物的种类和分布情况进行了比较和研究，以期从生态学角度评价和分析麒麟菜保护区的生态环境现状以及水体环境改变对麒麟菜生长的影响，其研究结果如下：
麒麟菜保护区COD平均值为1.32，有三个站点超标，最高值出现在A12站点，超标率为16.67％。文昌楼前港平均COD含量为0.459，符合一类“标准”，无一个站位超标。东郊椰林近岸海域的COD含量最高，平均值为1.77，超标率为33.33％，最高值出现在C4站点。
麒麟菜保护区溶解氧含量的平均值为6.76，符合一类“标准”，超标率达25％，东郊椰林近岸海域溶解氧含量为6.07，符合一类“标准”，超标率达44.44％；文昌市楼前港溶解氧为7.0均符合一类“标准”，说明该海域的含氧状况良好。
麒麟菜保护区的TN、TP含量分别0.358和0.055。其中，A12站点总氮、总磷含量最高，分别为0.523和0.1182，这是由于沿岸有许多养虾场，养殖污水直排到海水中，最终造成TN、TP的含量上升；东郊椰林TN、TP含量最高，分别0.321和0.043，主要与生活污水的排放有关。文昌市楼前港的TN、TP含量较低，分别0.302和0.023，水质环境相对较好。
麟菜保护区浮游动物生物量为0.161mg/L，丰度为23.16ind/L，麒麟菜保护区生物量及其丰度相对其他两个海域最高。这是由于保护区周边海岸有较多的鱼、虾育苗养殖场，大量养殖废水及有机碎屑排入大海，通过海浪等活动是保护区近岸海域营养丰富、有机碎屑丰富，因此大量浮游动物生长，导致生物量及其丰度最高。
麒麟菜保护区潮间带底栖生物种类平均多样性指数(H)为0.6472，平均均匀度为0.7588，平均丰度(D)为0.7588。东郊椰林潮间带生物种类平均多样性指数(H)为0.4123，平均均匀度为0.256，平均丰度(D)为0.597。表明这两个海域潮间带底栖生物种类组成较简单，底栖生物种类偏少，栖息密度和生物量偏低；文昌市楼前港潮间带底栖生物种类平均多样性指数(H)为1.2761，平均均匀度为0.7678，平均丰度(D)为0.8917。该海域底栖生物种类都较其他两个海域较为丰富，分布也较均匀，海域生态环境相对良好。
麒麟菜保护区藻场退化的原因是多方面的，一方面是由于“自然病害”、气候变化等造成的；但更多的是由人类的活动引起的，例如，修建港口等使沿岸许多自然海岸受损，生态系统破坏；同时海水养殖业的大规模发展，使海水受到不同程度的污染，沉积物和营养物增加，海水透明度降低以及局部富营养化，这些都是导致麒麟菜退化的主要原因。
希望通过这些调查研究，为麒麟菜的科学研究提供基础，扭转麒麟菜的退化趋势，同时也促使国家相关部门加强对麒麟菜保护区的重视和保护工作。