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本研究以培育中的地方蛋鸡新品种二郎山山地鸡为试验材料,克隆了鸡CRBPs基因家族成员CR8Pl、CR8P2、CRBP3和CRBP4基因的全编码区序列并进行了相关的生物信息学分析;以罗曼粉壳蛋鸡(D)为对照,采用SYBR greenⅠ定量PCR分析CRBPs基因家族成员在二郎山山地鸡SD02.SD03两个品系12、20、32和45周龄四个时间点七个组织(心、肝、肾、输卵管、卵巢、垂体和下丘脑)的时空表达模式;以二郎山山地鸡SD02和SD03两个品系共计349个个体为试验材料,采用PCR-SSCP和测序的方法检测CRBPs基因家族成员外显子序列和邻近内含子序列上的SNP位点,并结合繁殖性状进行了SNP位点或单倍型与性状的关联分析,试验结果如下:获得了鸡CRBPs基因家族成员CRBPl.CRBP2.CRBP3和CRBP4基因的全编码区序列,并翻译获得其氨基酸序列(135aa、135aa、159aa和127aa)。通过生物信息学分析,确定CRBPl.CRBP2.CRBP3和CRBP4蛋白都是亲水的、但均不是跨膜蛋白。除CRBP3外同时都存在着Lipocalin superfamily大家族结构域特征。CRBPl.CRBP2. CRBP3和(CRBP4蛋白的氨基酸序列与其它物种的同源性较高。成员间CRBPl与CRBP4的序列有较高的一致性(57.30%),CRBP2与CRBPl的CDS区序列一致性最低(43.50%)。CRBPl基因在输卵管、下丘脑、肝组织上的表达量具有品种差异;心为优势表达组织;垂体和下丘脑上表达量以20周龄最高,肝上表达量以12周龄最高,其余组织上均以32周龄表达量最高。CRBP2基因在下丘脑和肾组织上的表达量具有品种差异;心为优势表达组织;除肝上表达量以12周龄最高外,其余组织上表达量均以32周龄最高。CRBP3基因在肝组织上的表达量具有品种差异;肾、肝和卵巢是优势表达组织;卵巢和输卵管上表达量均以32周龄表达量最高,肝和肾上表达量均以45周龄最高,其余组织上表达量均以20周龄最高。CRBP4基因在肾和输卵管组织上的表达量具有品种差异;心、’肾和输卵管是优势表达组织;除下丘脑上的表达量在20周龄最高、肝上的表达量在45周龄最高外,其余组织上的表达量均以32周龄最高。cRBPs基因家族成员间的表达量以CRBP2为最低。在CRBP1基因第三内含子上检测到1个G/T突变,位于GenBank序列(GenBank NO: NC 006096.2)14604位,经与dbSNP数据库比对分析为新的SNP。关联分析结果表明:该SNP位点对开产日龄、开产体重、开产蛋重、300日龄产蛋量、蛋形指数的遗传效应均达到极显著水平,其中开产日龄、开产蛋重、蛋形指数TT基因型极显著低于GG和GT基因型,开产体重和300日龄产蛋量TT基因型极显著高于GG和GT基因型。开产日龄过早和过晚其总产蛋量都不高,蛋形指数过大和过小都影响孵化率,开产日龄和蛋形指数的相对大小是针对特定的品种和经济类型的鸡而言。所以,该位点TT基因型可作为二朗山山地鸡300日龄产蛋量的分子标记候选基因型。在CRBP2基因外显子3上检测到1个C/T异义突变(117Tyr→117His),位于GenBank序列(GenBank NO:NC006096.2)9028位。关联分析结果显示:该SNP位点对开产日龄、300日龄产蛋量、平均产蛋间隔和蛋壳厚度的遗传效应均达到极显著水平,其中开产日龄、平均产蛋间隔CC基因型显著低于TT和CT基因型,300日龄产蛋量CC基因型显著高于CT和TT基因型。开产日龄与产蛋量之间呈正相关,平均产蛋间隔越短,产蛋期产蛋量越高,所以,该位点CC基因型是300日龄产蛋量的优势基因型,C为优势等位基因。在CRBP3基因内含子2和3上检测到C/G和A/G 2个突变,分别位于GenBank序列(GenBank NO:NC_006088.2)934位(SNP1)和1324位(SNP2)。2个SNP位点构成4种单倍型,4种单倍型Hl(C-G)、H2(C-A)、H3(G-G)和H4(G-A)均为优势单倍型。关联分析结果表明:单倍型组合H2H2开产日龄和300日龄产蛋量的优势组合,H1H1是300日龄产蛋量的劣势组合,H3H4是开产日龄的劣势组合。所以单倍型组合H2H2可能对300日龄产蛋量有正向效应,H1H1可能对300日龄产蛋量具有负向效应。在CRBP4基因外显子2和3上检测到C/T、C/T和A/G 3个突变,分别位于GenBank序列(GenBank NO:NC006108.2)826位(SNP1)、1240位(SNP2)和1241位(SNP3)。其中SNP2为同义突变,SNP1和SNP3为异义突变,分别导致49Ser→49Leu,97Ile→97Val。3个SNP位点构成4种单倍型,4种单倍型H1(T-T-G)、H2(T-C-A)、H4(C-C-A)均为优势单倍型。关联分析结果显示:单倍型组合H4H4是开产日龄和300日龄产蛋量的优势组合,H1H1是300日龄产蛋量的劣势组合。因此单倍型组合H4H4可能对300日龄产蛋量具有正向效应,而H1H1对300日龄产蛋量具有负向效应。