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植物的根际是由广泛的微生物群落组成的一个十分复杂的生境。本研究应用不依赖培养技术的分子生物学方法,如T-RFLP(末端限制性片断长度多态性分析)、构建16S rDNA克隆文库和DGGE(变性梯度凝胶电泳)分析了不同生育期的健康棉花和黄枯萎病棉花植株根际细菌的群落演替规律。T-RF群落图谱分析表明在健康和生病棉花的根际土壤中细菌群落结构是动态的并随着棉花的生长而发生规律性的变化。棉花根际细菌主要有Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes和Acidobacterteria的各个属、科或目。用Bio-Dap软件进行了每个样品多样性指数的计算,健康花铃期根际有最高的香浓指数(H′)和辛普森指数倒数(1/D),但是生病吐絮期根际有最高的物种均度(E)。用27F和1492R这对引物分别建立了蕾期健康根际土壤样品、蕾期生病根际土壤样品、花铃期健康根际土壤样品、花铃期生病根际土壤样品、吐絮期健康根际土壤样品和吐絮期生病根际土壤样品的16S rDNA克隆文库。经过RFLP分析,对168个不同带型的克隆测序表明79.2%与不可培养的细菌有最高的相似性。Acidobacteria和Proteobacteria是优势菌门。在Proteobacteria中, alpha, beta和gamma亚组是优势菌。其他的细菌主要属于下面这些细菌门: WS3 , Deinococcus-Thermus ,Verrucomicrobia , Firmicutes , Bacteroidetes , Actinobacteria ,Thermomicrobia,Gemmatimonadetes,Planctomycetes,Proteobacteria,Acidobacteria Cyanobacteria。还有3%-8%的序列是未分级序列。用QuantityOne软件分析DGGE图谱后发现,所有样品被聚为两类,也就是,健康棉花根际样品被聚为一类,生病的棉花根际样品被聚为一类。三条来自DGGE的优势条带的序列长度均为550-bp左右,这三条序列分别与alpha和beta-proteobacteria有最高的相似性。此结果与来自16S rDNA克隆文库的结果一致。在棉花的不同生长阶段,根际细菌多样性在花铃期达到高峰。对棉花根际土壤细菌群落组成的影响,有时根系的活动占主导地位,有时病原菌的侵入影响占主导地位。