以牡丹品种‘洛阳红’和‘乌龙捧盛’为试材，采用盆栽控水法，对两种牡丹进行干旱与复水处理，研究了逐渐干旱和复水过程中抗氧化保护酶活性、渗透调节物质含量、MDA含量等牡丹生理生化特性及净光合速率（Pn）、气孔导度（Cond）、胞间CO2浓度（Ci）、蒸腾速率（Tr）和水分利用效率（WUE）等光合特性的动态变化；待处理组叶片出现永久萎蔫和复水后处理组叶片恢复至一定程度时，分别选取对照组、处理组合适叶片进行转录组测序与分析。为了确定适宜的盆栽牡丹叶片总RNA提取时期，以催花牡丹品种‘洛阳红’为试材，采用CTAB-LiCl改良法，对小风铃期、大风铃期、圆桃期、平桃期、破绽期、初开期和谢花期的牡丹叶片进行总RNA提取。利用琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性，紫外分光光度计检测RNA纯度。主要结果如下：1.干旱胁迫过程中，两种牡丹的SOD活性和CAT活性均呈先上升后下降趋势，两种牡丹的POD活性均呈逐渐上升趋势。复水后，相对于对照，‘乌龙捧盛’SOD活性升高，且差异达显著水平，两种牡丹POD活性变化均不显著，‘乌龙捧盛’CAT活性升高，且差异达显著水平。相关性分析表明，‘洛阳红’SOD与POD、SOD与CAT间存在显著或极显著正相关；‘乌龙捧盛’SOD与POD间存在显著正相关。2.随着水分胁迫程度的增加，两种牡丹的可溶性蛋白含量呈先升高后降低的趋势；两种牡丹的可溶性糖、脯氨酸和MDA含量均呈逐渐升高的趋势。相比于重度干旱胁迫，复水后两种牡丹的渗透调节物质含量均有所降低，除‘乌龙捧盛’可溶性蛋白差异不显著外，其他指标差异均达显著水平；而相对对照，复水后两种牡丹的渗透调节物质含量升高，但差异均不显著。两种牡丹的MDA含量在复水后比重度干旱胁迫时有所降低，差异均达显著水平；而与对照进行比较，差异不显著。3.随着水分胁迫程度的增加，两种牡丹的净光合速率、气孔导度、胞间CO2浓度、蒸腾速率和水分利用效率均呈逐渐下降的趋势；复水后，相对重度干旱胁迫，均有所上升，而与对照进行比较，均有所下降，然而有些指标恢复到对照水平；两个品种比较显示，在不同水分处理时，‘洛阳红’净光合速率和水分利用效率均高于‘乌龙捧盛’，表明‘洛阳红’的耐旱性可能更强。4.七个时期提取的总RNA，电泳均检测到28S、18S和5S rRNA条带，吸光度比值A260nm/A280nm均介于1.8~2.0之间，其中大风铃期、圆桃期、平桃期、破绽期和初开期的rRNA条带整齐清晰，并且28S rRNA亮度高于18S rRNA。上述表明CTAB-LiCl改良法适合从牡丹叶片中提取总RNA，且大风铃期、圆桃期、平桃期、破绽期和初开期是最适合提取总RNA的五个时期。5.对6组牡丹叶片样品转录组进行转录组测序，每个样品的Clean reads的总数均达到了51M以上，序列组装共获得Unigene81725个。所有Unigene长度均大于200bp，长度在201~300bp范围的Unigene所占比例最大，为30.00%。利用NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG和GO6个数据库对得到的81725个Unigene进行Blast比对，比对结果显示，53.81%（43977个）的Unigene有功能注释，其中，51.24%（41876个）的Unigene与NR蛋白数据库有同源比对信息。6组样品两两比较，差异表达基因数目处于5500至22000之间，差异表达基因最少为WLPS-WT与WLPS-RE的比较，最多为LYH-WT和WLPS-DR的比较。