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喜盐鸢尾(Iris halophila Pall.)是一种多年生草本植物,属于鸢尾科鸢尾属。具有观赏价值高,抗寒、抗旱、抗虫害特性强,适应性强,管理粗放等一系列优点,是抗性遗传育种的优良资源和园林绿化、盐碱地改良的优良植物。目前,喜盐鸢尾尚处于未开发的状态,由于自然环境的变化和人类活动的影响,其遗传多样性具有逐渐丧失的危险。本文用SSR和SRAP两种分子标记方法对新疆野生的喜盐鸢尾居群的遗传多样性进行了研究。(1)从10对SSR引物和120对SRAP引物中分别筛选出6对和18对引物对新疆喜盐鸢尾自然居群进行遗传多样性分析。其6对SSR引物共扩增出45个多态性位点,多态条带比率(PPL)为100%；物种水平上Nei’s基因多样性指数(He)为0.2949,Shannon多样性指数(I)为0.4672；居群内基因多样性(Hs)为0.2468,71.58%的遗传变异存在于居群内,28.42%的遗传变异存在于居群间;居群间的遗传分化系数(Gst)为0.2842,基因流(Nm)为1.2593。18对SRAP引物共扩增出112个多态位点,多态条带比率(PPL)为100%。物种水平上Nei’s基因多样性指数(He)为0.3628,Shannon多样性指数(I)为0.5433；居群内基因多样性(Hs)为0.3194,75.31%的遗传变异存在于居群内,24.69%的遗传变异存在于居群间；居群间的遗传分化系数(Gst)为0.2469,基因流(Nm)为1.5251。(2)采用AMOVA进一步分析发现,有31.14%(SSR)或28.36%(SRAP)的遗传变异存在于居群内部,表明居群之间已有一定程度的遗传分化。(3)克隆多样性分析表明,喜盐鸢尾具有较高的克隆多样性水平,物种水平上Simpson指数(D)值为0.9901(SSR)和0.9872(SRAP),所有居群均为多克隆居群。并且推测喜盐鸢尾居群在建立之初可能是由多个不同基因型的个体组成,因而导致了其丰富的克隆多样性。(4)利用两种标记得到的数据矩阵和复合数据矩阵,采用Nei & Li’s的方法计算出各材料间的遗传相似系数,应用UPGMA法获得聚类图,结果表明生态地理条件相似的居群优先聚集。(5)SSR标记和SRAP标记之间的遗传相似系数矩阵的相关系数为：r=0.9971,p<0.001,结果显示这两种标记技术对新疆野生喜盐鸢尾自然居群的遗传多样性的分析具有较高的一致性。