番茄（Solanum lycopersicum）原产南美洲,目前已成为全球性重要的农作物之一。同时由于其基因组较少,且易于进行遗传操作等特点,作为模式研究作物,在农业与植物科学研究中的地位日趋突出。通过EMS诱变产生突变体,进而筛选相关突变基因,研究基因的功能,已成为功能基因组学研究的重要方面。本论文利用测序番茄材料‘Heinz1706’EMS诱变获得的矮化突变体为主要试材,分析了突变体不同发育阶段的特性,并取茎尖材料进行转录组分析,试图筛选可能的突变相关基因,论文的主要结果如下:1.明确番茄‘Heinz 1706’EMS矮化突变体种子发芽阶段对下胚轴伸长作用较大的是IAA,而苗期影响番茄茎伸长作用较大的是GA₃,对番茄果实发育作用较大的是也是GA₃。2.对番茄的茎尖混合样品进行转录组测序,通过测序共获得149.02Gb高质量序列碱基数,各样品高质量序列碱基数均达到7.17Gb,Q30碱基百分比在91.97%及以上。从比对结果统计来看,各样品的Reads与参考基因组的比对效率在82.00%⁸9.79%之间。利用番茄‘Heinz 1706’及其EMS矮化突变体的茎尖样品进行表达谱测序,分别得到28,527,071条reads和26,078,626条reads,差异表达基因数为534,其中上调表达基因数为426,下调表达基因数为108。3.在差异表达基因中找出与影响矮化的激素（生长素和赤霉素）相关的四个基因。其中Solyc03g006360.2和Solyc06g008580.2分别是与生长素抑制蛋白和生长素诱导其表达相关的,而Solyc04g017720.2和Solyc02g083880.2则都是与赤霉素调节蛋白相关的。其中上调表达基因是Solyc03g006360.2、Solyc06g008580.2和Solyc04g017720.2,而下调表达基因是Solyc02g083880.2。将找出的四个差异基因进行荧光定量PCR验证,结果与转录组测序的结果一致。进一步证明了这四个差异表达的基因可能是参与了番茄‘Heinz1706’EMS矮化突变体的矮化进程。