“乡政村治”体制是目前我国农村的基层治理体制。村民自治组织是农民进行自我管理、自我教育和自我服务的群众性自治组织。乡镇政府作为我国最基层的政权,是与村级最直接接触与密切联系的基层政权。　　《中华人民共和国村民委员会组织法》的规定,乡镇政府与村民自治组织之间是指导和协助的关系。但是在工作实践中,由于多种因素,尤其是乡镇政府行政体制的弊端以及实行村民民主选举以来一系列问题的产生,造成镇村在运作中存在困境。本文从介绍我国“乡政村治”出现前后时期的乡村关系入手,在“乡政村治”确立后镇一级政权和村一级自治权的历史演变的基础上,阐述了镇村二级运作的现状;并以A、B镇为例指出镇村运作的现实困境,进而分析镇村运作存在问题的成因;最后在此基础上,提出镇村运作中现实困境的对策突破。