随着自身蕴含的经济价值日益凸显，商业秘密已然成为市场主体竞争行为围绕的对象，由此导致的侵害商业秘密纠纷也日渐频发。司法实践的经验表明，在此类诉讼中，损害赔偿数额的计算问题往往既是核心也是难点。然而，纵观我国侵害商业秘密纠纷的审判现状，法院对于损害赔偿数额的计算仍难以把握。其中的主要原因在于，我国商业秘密损害赔偿计算规则仍存有缺陷，在实践适用中受到诸多限制与困扰。就理论而言，相对完善的商业秘密损害赔偿计算规则应当包括三个层面：一是损害赔偿计算方法，二是与计算方法相关的适用规则和补充规则，三是与计算方法相关的证据规则。在侵害商业秘密纠纷中，三者之间有序结合，使主审法院尽可能查明案件事实，并在此基础上得出准确合理的损害赔偿数额。这一法律经验，已经为美国商业秘密法的发展历程所验证。与之相比较，我国尽管参照专利损害赔偿的相关规定确立了商业秘密损害赔偿计算方法，但仅有这一初浅的方法体系并不能为司法实践提供具体的指引。第一，损害赔偿计算方法的规定过于宏观宽泛，对于每一种计算方法的具体内容、适用条件、禁止情形没有具体涉及。这使得法院在计算损害赔偿数额时往往缺乏充分的依据标准。第二，对于各种计算方法叠加适用的情形一概予以否决，对于惩罚性赔偿制度未予明确。这使得权利人的损失往往难以得到充分弥补，故意侵害他人商业秘密的行为也难以得到有效遏止。第三，侵害商业秘密纠纷中权利人的证明责任未予明晰，证明方式过于有限。这使得侵害商业秘密纠纷的“证明难”问题被进一步放大，加剧了权利人因举证不能导致无法获得充分赔偿的风险。商业秘密损害赔偿计算规则是以计算方法为核心的有序整体。因此，我国商业秘密损害赔偿计算规则的完善，也应从计算规则的三个层面入手，逐一解决实践中存在的问题。其中，细化损害赔偿计算方法是关键所在，而构建相应的适用规则和证据规则又是有益的补充。完善的商业秘密损害赔偿计算规则，不仅是法院解开侵害商业秘密纠纷中审判难点的钥匙，也是实现商业秘密法调整竞争秩序、维护商业道德之立法目的的有效手段。