疏花水柏枝为三峡库区消涨带特有植物，三峡大坝的建设导致其野生居群全部绝灭。疏花水柏枝为柽柳科水柏枝属植物。整个水柏枝属约包含了13个水柏枝物种，其中，中国分布的物种有10个和1个变种。除了疏花水柏枝，其它的水柏枝物种大多分布于青藏高原及其邻近的地区，喜马拉雅为可能的发生和多样化中心。最近的研究推测，疏花水柏枝可能起源于古地中海地区并伴随着喜马拉雅和长江三峡的地质构造而进化扩散。但是，关于该物种全面的遗传多样性和遗传结构还不十分清楚，同时，其系统地理的起源发生还缺乏足够的分子生态证据的支持。因此，在本研究中作者将着手探讨这些问题。利用AFLP分子标记，作者对九个自然居群和一个迁地居群的遗传多样性和结构进行了详细的调查。结果表明，疏花水柏枝的自然居群中存在中等水平的遗传多样性，且迁地居群表现了最高的基因多样性。在整体遗传变异中，约大于45％的遗传变异出现在居群间。基于贝叶斯方法学的分配分析和共祖模拟分析一致表明，九个自然居群间表现了较大的遗传隔离，并且只有低水平的基因流来维系居群间的遗传交换(Nm=0.290-0.401)。同样的结果出现在基于遗传距离的主坐标三维聚类分析中。经典的复合种群动态模式最适合用来解释疏花水柏枝居群间的迁移方式，但是由于水流为种子和无性繁殖体传播的主要驱动力，其居群间迁移的方向应主要为线性的单向。本研究结果表明，先前的迁地保护对遗传完整性的保育是比较成功的，同时，以上这些遗传信息的获得和遗传材料的补充将对今后保护回归策略的制定起到重要的作用。基于物种水平的系统地理学研究结果显示，大部分中国分布的水柏枝物种居群的叶绿体DNA遗传支系排布和系统发育关系表现了明显的物种边界。但是，三个近缘种三春水柏枝、具鳞水柏枝和宽苞水柏枝却表现了遗传支系的混合。可能的共享祖先多样性和后来的杂交渐渗是出现这种现象的内在原因。同时，由41个水柏枝单倍型构成的遗传支系形成了四个主要的遗传类群。这些类群的归并表现了强烈的地理方式，如青藏高原横断山地、青藏高原周边处于二级海拔梯度的地区和偏东南重庆湖北地区等分别对应于相应的支系分布。另外，一些物种如疏花水柏枝、宽叶水柏枝等表现了明显的形态学和分子系统关系的不一致。对中国水柏枝居群的生物地理学推论支持先前建议的喜马拉雅中心的假说，但祖先居群的分布范围可能包含周边更大的面积如四川盆地的东部等。整个中国水柏枝属的系统地理方式表现为南部的起源和孑遗以及向北的后冰期面积拓展。对于疏花水柏枝，本研究揭示了其古老的起源和最近有限地理范围的扩散。生物地理学研究揭示了历史上的地理隔离事件和后来的冰期幸存可能是疏花水柏枝成为三峡地区狭域地方种的关键因素；同时，疏花水柏枝的存在，也可能严格的相关于渝湘鄂山地这一冰期避难所的假说。