随着国家对高校科研项目投入的不断增长,科研经费来源也更为广泛,高校科研经费的经济活动变得日趋复杂,这对高校的内部审计也提出了更高的要求。为适应不断发展的审计环境、提高审计效率,将风险导向审计模式引入高校科研经费内部审计成为了必然趋势。风险导向审计的出现为组织带来了管理上的新突破,对于组织树立风险观念、强化风险管理等均起到了积极作用,无论对于高校科研经费管理还是对推动高校内部审计的自身发展都具有较强的现实意义,能够更好地促进科研经费管理、确保科研经费使用效率、提升审计效率性和时效性。本文采用了文献分析法、问卷调查法、案例分析法等多种研究方法。在对国内外文献研究的基础上,阐述了高校内部审计的职能及风险导向审计的主要特征等,可以了解到风险导向审计的特征优势与高校科研经费内部审计的发展需求相契合,将其引入高校科研经费内部审计是必然趋势且具有现实意义。随后,通过内审、外审中审计目标及所需关注风险的不同来阐明高校科研经费内部审计在具体运用风险导向审计时存在特殊性,需结合高校自身特点对风险导向审计运用在高校的科研经费内部审计的审计流程设计框架。最后,以该框架在A高校纵向科研经费内部审计上的运用进行案例分析,通过整个审计流程的分析来体现风险导向审计模式在A高校纵向科研经费内部审计中的具体运用。