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隐马尔科夫模型的相关理论早在19世纪就已经由俄国有机化学家VtadimirV.Markovnikov提出，但是模型的应用在最近的十几年才随计算机的发展而得到关注和研究。隐马尔科夫模型在很多重要的领域中得以应用和发展，包括信息工程，生物和医学等等科学领域。
大部分关于隐马尔科夫模型的应用都是基于离散时间马尔科夫理论。本文将主要探讨连续时间隐马尔科夫模型的理论及应用。首先文章给出了连续时间隐马尔科夫模型的理论，并将协变量引入模型，作为影响误判概率模型的因素。接着本文通过不同角度的模拟实验，对隐马尔科夫模型的拟合优度进行了探讨，并对隐马尔科夫模型的适用条件提出了看法。
最后本文还通过隐马尔科夫模型，在存在筛选误判情况下为心脏移植病变进展建立模型，深入分析了该病的进展规律，各个阶段逗留时间等方面的问题。