黄鲫（Setipinna taty），俗名麻口前、毛口国、黄鰶、鸡毛鳓，隶属于脊索动物门，硬骨鱼纲，鲱形目（Clupeiformes），鳀科（Engraulidae），黄鲫属（Setipinna）；常栖息于淤泥底质、水流较缓的海区，白天栖息的水层较深，夜晚上浮表层；主要分布于印度洋、太平洋西部，在我国的主要分布海域为东海、黄海、渤海。黄鲫是东海区春冬季海洋渔业的主要捕捞对象，其渔获量及比例不可忽视，随着捕捞强度的增大，不少地区开始重视对黄鲫渔业资源的开发利用,为了准确评估黄鲫的种质资源现状，我们需要对黄鲫的种质资源进行具体调查和分析。本研究开发了11个黄鲫特异的多态性微卫星标记，根据已经开发的微卫星标记分析黄鲫遗传结构及遗传多样性水平。我们还获得黄鲫线粒体基因组全序列，解析其线粒体基因组中编码序列和非编码序列的结构和特征；基于黄鲫和鲱形目下的12种鱼类的线粒体基因组全长，构建鲱形目鱼类的分子系统发育树。这些研究为黄鲫的种质资源评估，分子辅助育种等研究提供了候选标记。本研究主要结果如下：1.微卫星标记的开发和多态筛选：本研究利用FIASCO法构建（CA）13黄鲫微卫星DNA富集文库，克隆测序，获得38个含有微卫星位点的序列，设计38对引物，经过筛选优化获得11个具有黄鲫特异的多态性的微卫星标记。为黄鲫的种质资源评估、分子辅助育种等研究提供了候选标记。2.群体遗传多样性及遗传结构的分析：利用黄鲫11个多态性微卫星标记分析东海海域舟山、象山、宁海，及黄海海域烟台、威海这5个群体的遗传结构及遗传多样性水平。结果显示，11个多态位点平均等位基因为4.84，观测杂合度和期望杂合度分别在0.3500~0.8421和0.5244~0.6244之间，表明11个微卫星位点具有较高的杂合度，群体保持着丰富的遗传多样性。烟台和舟山两个群体的亲缘关系最远；烟台和威海两个群体的亲缘关系最近。3.线粒体基因结构和排列顺序的分析：黄鲫线粒体基因组全序列在基因排列顺序、内部结构等，均类似于其他已经报道过的硬骨鱼类线粒体基因组结构，且与脊椎动物线粒体的典型模式相吻合。黄鲫线粒体基因组DNA全长为16887bp(登录号KC439458)，一共包含了37个编码蛋白基因，转运RNA基因(tRNA)为22个，蛋白质编码基因为13个、核糖体RNA基因(rRNA)2个，以及两个没有参与编码蛋白反应的区域，轻链复制起始区（L-strand）和控制区（Dloop，CR）。