【摘 要】
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sRNA介导的调控是一种在转录后水平,通过与mRNA碱基互补配而调控目标mRNA的蛋白翻译的方式。因为其在原核生物中的广泛存在和重要作用而引起人们大量研究。随着实验数据的积累
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sRNA介导的调控是一种在转录后水平,通过与mRNA碱基互补配而调控目标mRNA的蛋白翻译的方式。因为其在原核生物中的广泛存在和重要作用而引起人们大量研究。随着实验数据的积累,人们发现sRNA介导的调控构成一个复杂的网络,同一个sRNA可能调控多个mRNA,而一个mRNA也可以调控多个sRNA。于是,人们试图用模型预测sRNA的目标mRNA和它的作用模块,也希望通过模型来人工合成sRNA调控系统,这就需要我们了解影响sRNA功能效果的各个因素。 这里我们通过分子学生物实验的方法构建一系列不同结构的RyhB突变体来讨论sRNA序列,结构和基因沉默功能之间的关系。实验结果发现,核心配对的单链或双链状态,核心配对区的长度,局部二级结构的紧密度,配对前后的能量差等因素对sRNA的功能强度起到一定作用。从物理学角度考虑,这些因素可能决定了配对的动力学过程,并由此猜测了sRNA和mRNA配对过程图像,以及相伴的系统能量变化,这部分工作为理论模型提供了基础。 为了进一步了解sRNA的网络作用模式特性,我们从理论上对比了sRNA以化学计量模式调控两个目标mRNA的系统和分别以化学计量模式或催化模式调控两个目标mRNA的系统,讨论两个mRNA因为竞争sRNA而带来的相互影响。我们的理论模型发现,催化模式下mRNA之间的影响有更显著的“开关”效应,而且表现出更稳定的抗噪音特性。
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