随着中国城乡经济的快速发展，城镇化和工业化发展速度加快，对现代城乡生态系统进行深入地分析，从系统结构和功能的角度出发，开展关于我国现代城乡生态系统变化过程、趋势及规律的研究，根据城乡地区的人口、资源、社会经济结构以及发展要求，建立一个高效健康的城乡一体化区域结构。城镇化的不断推进，加大了对生态环境的压力，引发了许多的生态环境问题。若要实现城乡经济一体化的健康发展，须同时建立起城乡生态连体结构和循环体系。两者间相互协调共同发展带来巨大的生态效益和经济效益。因此，对于生态系统结构功能及其健康评价的研究将有利于我们在发展中解决生态环境问题，加快推进城乡一体化的建设步伐。　　本文以城乡生态系统为研究，在城乡社会的经济发展、结构调整、制度变迁和剧烈的社会文化转型背景下，通过对鄂尔多斯市伊金霍洛旗城乡生态系统的结构、功能及特征的变化过程进行研究，运用层次分析法确定各指标权重，构建了活力、组织力、恢复力、系统服务功能、人群健康五个要素组成的评价指标体系，采用模糊数学评价模型，对伊金霍洛旗（2008-2012年）城乡生态系统健康状况进行深入的研究分析，经研究发现制约伊金霍洛旗城乡生态系统健康发展的因素有:粗放的经济增长方式，主要以资源型产业为主;深加工不足;环境、经济等效益低下;环境保护任务艰巨。通过提高城乡生态系统服务功能的措施对所需要的环境进行综合全面的治理;优化产业结构降低资源的消耗;改造提升传统产业，加快发展非资源型产业等多个方面快速提升伊金霍洛旗城乡生态系统健康水平，最终实现鄂尔多斯市伊金霍洛旗城乡地区经济、社会和生态效益的可持续发展。