在人体免疫系统中,T细胞的识别、监控功能主要是靠监管MHC分子递呈的自然处理肽来实现,所以自然处理肽在免疫系统中起着至关重要的作用。在应用研究中,自然处理肽已经被应用于免疫耐受、免疫调节、细胞免疫、移植排斥、个性化疫苗等各个方面。MHC-I类分子递呈的自然处理肽主要来源于由蛋白酶体降解和处理的内源性蛋白,他们也可以被看作是基因转录与翻译产物的碎片,被喻为天然的“基因芯片”。尽管在应用研究和基础研究上自然处理肽都有重要的意义,但是,目前专门用于分析自然处理肽的生物信息学流程和软件还比较欠缺。所以急需开发和训练MHC结合肽与自然处理肽相关软件和工具。在本论文中,我们进行了以下研究：1.设计了一个从自然处理肽追溯到蛋白质序列及核酸序列的定位分析流程。在该流程中,我们采用BLAST比对的方法,从自然处理肽出发将其比对到蛋白质序列和核酸序列。使用该流程分析了我们收集到的自然处理肽,证明了一些理论预测基因的存在与表达,发现了一些可能的新基因与新单核苷酸多态性位点。2.开发了一个自然处理肽的预测工具———NIEluter。该工具基于支持向量机,可以预测六种HLA等位基因,四种长度的自然处理肽,有助于实验免疫学家直接从蛋白质抗原序列预测能够自然处理并递呈的细胞毒性T细胞表位,可以极大的节约科研经费与时间。MHC结合肽在体内未必能够被蛋白酶体加工处理及TAP转运而自然递呈到细胞膜表面的相应MHC抗原分子结合槽中,因此直接预测自然处理肽的软件比已研究开发得较多的MHC结合肽预测工具更有意义与价值。为了方便交流,我们将第一部分工作流程放到http://immunet.cn/nie/demo.html网页中。第二部分工作的成果已开发成为一个可供自由访问与免费使用的网络服务,网址是：http://immunet.cn/nie/cgi-bin/nieluter.pl。