浮游植物作为海洋中最主要的初级生产者，是海洋食物网的基础环节，并能敏感反应环境变化、调节全球气候。海洋中尺度现象能对浮游植物的物种组成、丰度分布产生重要影响。南海中尺度过程活跃，但其对浮游植物群落结构的影响并不十分明确。本文通过2008年6-9月三个航次实测数据，分析了南海北部海区上升流、冲淡水、锋面和涡旋四种不同物理过程对浮游植物群落结构的影响，为更好地了解南海北部海区物理—生物耦合过程提供参考。　　 通过水团温盐分析，粤东海域可划分出四种不同性质的水团，为外海水、外海—冲淡羽混合水、上升流、上升流—冲淡羽混合水。沿岸上升流、珠江冲淡水共同影响着浮游植物的群落结构。受冲淡水和上升流的影响，海区营养盐含量升高，冲淡水为上层水体带来大量营养盐，上升流则使水柱含量提升。因此冲淡羽区域仅在表层形成高生物量，而上升流区水柱平均丰度很高。海区浮游植物群落结构聚类成三种类型，与水团分析结果相吻合。第一种类型为外海群落，丰度较低，特征种均为甲藻，锥状斯氏藻Scrippsiella trochiodea占最大优势;第二种为适应上升流—冲淡水的群落，丰度、硅甲藻丰度比均较高，优势度最大的为菱形海线藻Thalassionema nitzschioides;第三种为上升流区的群落，特点为浮游植物丰度、硅甲藻丰度比均为海区最高，较低的水温使温带种泰晤士扭鞘藻Streptothece thamesis数量明显增加，可以指示底层低温海水的涌升，菱形海线藻Thalassionema nitzschioides也占最大优势，但优势不如在上升流—冲淡羽区明显。　　 2008年8-9月入侵黑潮水在吕宋海峡形成锋面，可划分出南海水、锋面混合水、黑潮水三种水团。锋面区水体混合强烈，利于下层营养盐向上输运形成高值。三种水团中具有不同的浮游植物群落结构。海峡中部锋面区的物种数、丰度、硅甲藻丰度比均高于周围的南海区域和黑潮影响区。中距鸟尾藻Ornithocercusthumii、纺锤梨甲藻Pyrocystis fusiformis、粗梨甲藻Pyrocystis robusta等狭高温高盐种出现在锋面及黑潮区，红海束毛藻Trichodesmium erythraeum的出现率也在锋面及黑潮区较高，都指示着西太平洋水的入侵。　　 2008年8-9月南海北部海盆区暖涡对浮游植物的群落结构产生巨大影响。暖涡边缘营养盐含量远超过暖涡内部，促进了边缘区浮游植物的物种丰富度及生物量增加。暖涡边缘浮游植物物种数、丰度及硅甲藻丰度比都远远大于暖涡内部，且在整个南海北部海区成为高值中心。虽然整个海区甲藻占优势，但暖涡边缘优势种为常见于温带沿岸的聚生角毛藻Chaetoceros socialis，暖涡边缘低温、高营养盐的环境为其提供了适宜的生存环境，也可以反过来指示暖涡边缘低温、高营养的环境。暖涡输送营养盐至边缘的方式可能为亚中尺度上升流。