本文运用数据包络分析研究水资源管理绩效评价问题。首先具体介绍了数据包络分析方法，从单输入单输出的生产函数谈起，导出了DEA的多输入多输出的情况，接着分析了DEA的C<2>R模型以及涉及到的基本概念和定理，并分析了相比于其它综合评价方法，DEA独特的优势。系统介绍了数据包络分析的应用机理和基本模型；运用DEA的C<2>R模型和C<2>GS<2>模型同时对灌区绩效进行评价，不仅提供了各灌区规模效益情况，而且提供了纯技术效益情况，能够确定各决策单元在有效生产前沿面上的“投影”，找出导致DEA无效的灌区存在的问题和问题的原因，为灌区的管理者提供了决策依据。运用DEA对城市供水绩效评价时，针对投入产出指标过多而决策单元数量有限时，就会出现所有的决策单元的相对效率评价值θ→1的情况，无法真实反映各个省份城市供水绩效的相对效率，本文提出了用主成分分析法进行指标的处理，然后建立了我国全国各省会城市(不含港、澳、台和拉萨)的城市供水绩效评价的C<2>R模型，从计算结果来看，基本上反映了我国城市管理绩效水平。最后，客观地审视了本文研究中存在的问题，并针对这些问题提出了关于下一步研究的方向与对策。