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在野猪的种群遗传结构和系统地理学研究上,目前的报道多集中在对欧洲野猪的研究,国内多集中关注家猪和野猪的亲缘关系、家猪的驯化中心和起源研究,而对东亚野猪的种群遗传结构研究较少。本研究通过对线粒体DNA控制区序列变异分析,同时结合19个气候因子和物种空间分布数据,探讨东亚野猪的分布格局及其形成原因,以及更新世(Pleistocene)气候变化对野猪系统地理格局的影响。主要结果如下:1.研究收集东亚野猪样品318个,结合GenBank下载的数据,共680条序列,定义172个单倍型。发现27个单倍型是独有的,145个单倍型在采样点之间共享,东亚野猪的遗传多样性显著高于欧洲。2.基于线粒体控制区的系统发生分析,揭示东亚野猪由12个独立的分支构成。台湾岛及琉球群岛的野猪各自形成独立的特定分支,而海南和日本野猪均分散在许多分支中,朝鲜半岛的野猪分布在3个亚支中,该结果表明东亚野猪在不同地理区域经历了不同的种群历史。历史上,东亚野猪经历的2次种群扩张,第一次扩张发生在距今约30万年前,第二次扩张起源于秦岭和大巴山,约8万年前。不对称的基因流和2次种群扩张对东亚野猪地理种群空间遗传结构和分布格局的影响较更新世气候波动更为重要。3.使用最大熵模型(MaxEnt)对末次盛冰期和当今的19个气候因子的模拟分析表明,东亚野猪在末次盛冰期和当今的潜在适生区的分布范围差异较小,无较大波动,模型预测的AUC值分别为0.930和0.940。年平均温度、最冷季平均温度和最暖季降水量对末次盛冰期野猪分布具有较高贡献,而最暖季降水量和最干旱月降水量对当今野猪分布具有较高贡献。在其他气候因子保持不变时,最暖季降雨量贡献最大,是影响LGM野猪分布的重要限制因子。4.秦岭地区野猪具有较高的单倍型和核苷酸多样性,其个体分布在东亚野猪系统发生树的多个支系中。通过对秦岭地区83个野猪样品的线粒体DNA控制区序列和12个微卫星位点的变异分析,共获得78个线粒体控制区序列(943bp),定义17个单倍型,其中8个单倍型在采样点之间共享,其它9个单倍型是各样点独有的。基于线粒体控制区的贝叶斯系统发生树揭示秦岭野猪分为2个主要支系(CladeⅠ与CladeⅡ),CladeⅠ包含9个单倍型,分布于秦岭东部EQL,秦岭西部WQL,米仓山Micang,巴山Bashan种群;CladeⅡ包含8个单倍型广泛分布于秦岭地区的秦岭东部,秦岭中部,秦岭西部,米仓山,巴山等5个种群中,控制区单元型无明显的地理格局。基于微卫星标记的Structure揭示秦岭野猪分为两个遗传簇,但是两大群系之间无明显的空间分化。