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棉花是世界上重要的经济作物之一,棉花领域的科技发展与应用,对社会的生产与生活都做出了巨大的贡献。棉花细胞质雄性不育在棉花杂种优势的利用上具有重要作用,利用棉花雄性不育可以突破传统人工去雄杂交育种的瓶颈,为棉花杂交种制种的商业化推广展现了光明的前景。本研究以本实验室抗虫三系杂交棉“银棉2号”的亲本P30A和P30B为材料,利用差速离心、不连续密度梯度离心等多重离心技术,提取并获得高纯度棉花线粒体；利用原位裂解法和脉冲场凝胶电泳,从纯化的线粒体中制备出完整的高纯度线粒体基因组DNA；对线粒体基因组进行高通量全测序。获得P30B和P30A的线粒体全基因组序列分别为621692bp和627590bp。两个基因组序列都含有68个基因,其中35个蛋白编码基因,29个rRNA基因,4个tRNA。在8个多拷贝基因(nadl,rps3,rrn26,trnW,trnS (GCT),trnP,trnfM 和 trnM)中,nadl基因含有外显子b和c的另外一个拷贝,rps3含有一个假基因拷贝。蛋白编码基因序列都是26942bp,占整个基因组序列的4.33%和4.29%。重复序列分别为118565bp和121550bp,占整个基因组序列的19.1%和19.4%。同时发现二者的基因个数,基因种类和基因排列顺序相同。依据已经报道的植物细胞质雄性不育基因序列,结合生物信息学方法,分析棉花线粒体基因组序列信息,并分析线粒体功能基因在P30A和P30B之间存在差异的基因(基因结构和基因序列),获得与陆地棉细胞质雄性不育相关的候选基因18个。