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人工合成六倍体小麦是一种新型六倍体小麦,是研究小麦进化过程中基因变异的重要材料,为利用小麦近缘种属中的优异资源,拓展并丰富小麦遗传基因库,进一步鉴定、挖掘和运用优异基因创造了条件。本试验以86份人工合成小麦品系和24份常规小麦品种组成一个自然群体,分别于2015年在杨陵(环境条件E1)和2016年在杨陵、三原、南阳(环境条件E2、环境条件E3、环境条件E4)调查了粒长、粒宽、粒厚、千粒重等籽粒性状,并计算粒长/粒宽,利用分布于小麦全基因组的365对SSR标记进行全基因组扫描,分析其遗传多样性和群体结构,把分子标记与表型性状进行关联分析。研究结果如下:1.统计分析表明,人工合成小麦在2015年杨陵(E1)和2016年南阳(E4)的千粒重变异系数最大,粒厚的变异系数最小。人工合成小麦在四种环境条件下的5个籽粒性状差异几乎都达到极显著水平(P<0.001)。说明供试材料各性状差异较大,具有丰富的多样性。2.全基因组扫描筛选了365对多态性SSR标记,共检测到了2187个等位变异,平均等位变异数为5.9918;基因多样性变幅为0.1944~0.8612,平均值为0.7247;各引物的多态性信息含量(PIC值)变化范围为0.1755~0.8452,平均水平为0.6848。基因多样性和PIC值的最大和最小值均分别为引物gdm99、xgwm320。等位变异总数最高的是D基因组(1009个),最低的是A基因组(534个),体现为:D>B>A;基因多样性和PIC值最高的均是D基因组,A基因组最低。说明人工合成小麦的D基因组的遗传多样性比较高。3.供试群体被划分为7个亚群,其中,人工合成小麦被划分为5个亚群,常规小麦被划分为2个亚群,说明人工合成小麦和常规小麦的遗传背景存在较大差异。4.四种环境下均能检测到与粒长、粒厚显著关联的标记各1个;只在三种环境下均能检测到与粒厚显著关联的标记1个;只在两种环境下均能检测到与籽粒性状显著关联的标记10个。这些显著性标记为进一步挖掘优异等位基因提供依据,为小麦分子标记辅助育种奠定了基础。