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棉花作为我国重要的经济作物之一,其生产现状直接关系农业生产的经济效益,影响着我国棉农的积极性,同时还间接的影响着后续产业的发展,如纺织工业和服装产业。随着人们生活水平的不断提高以及现代纺织工业技术的不断革新,对棉纤维品质的要求变得越来越高。如何在保证棉花产量的同时,不断提高棉纤维品质成了现在棉花育种工作者面临的主要问题之一。传统的育种方法周期较长,效率较低,而通过分子标记技术来辅助育种是一种较为快速、准确的育种途径。目前已经构建的海岛棉陆地棉种间的遗传图谱的基因覆盖率相对较低,定位出的产量和品质性状等QTL的数量较少、还不够准确,因此需要对其进行准确定位。本试验通过对新海21和新陆中36进行SSR和SRAP分子标记引物筛选,使用筛选出的引物对两个F2群体进行PCR扩增,构建遗传连锁图谱,并利用正反交F2群体进行初步的棉纤维品质性状QTL定位。本研究的主要结果如下：1.田间农艺性状两个杂交群体的田间农艺性状差别不如两个亲本的明显,在株高和始节高方面表现出超双亲,但是在结铃率方面却不如亲本,通过表2-6还可以看出016群体比017群体单株田间长势的范围要广一些,也可为田间筛选优良植株提供参考。2.纤维品质性状表现及亲本棉纤维生理生化指标分析。由频率分布对比可知,两个群体的纤维品质的不同指标表现出了超亲分离,形成了较高的海岛棉与陆地棉种间杂交群体品质性状差异水平。两亲本棉纤维的可溶性糖、纤维素以及可溶性蛋白的含量随发育时间的变化可能是导致两亲本的棉纤维品质不同的原因之一。3.DNA分子标记与连锁图谱的构建。本试验一共选择了600对SSR引物和238对SRAP引物对两个亲本进行引物筛选,共筛选出94对多态性引物,其中从600对SSR引物中筛选出69对多态性引物,占总数的11.5%；从238对SRAP引物中筛选出25对多态性引物,占总数的10.5%。用筛选得到的69对SSR引物和25对SRAP引物对F2群体扩增出来的多态性标记进行遗传连锁分析,构建了包括31个标记位点的遗传连锁图和6个连锁群,标记间的平均距离为36.7cM,全长为1140.2cM,覆盖棉花基因组的22.82%。4.纤维品质相关性状QTL定位。共检测到4个与棉纤维长度相关的QTLs,6个与纤维比强度相关的QTLs,7个与伸长率相关的QTLs,8个与马克隆值相关的QTLs,16个与纺纱指数相关的QTLs。