平原河网区域河流众多,水流平缓,水环境承载力低,随着经济的快速发展导致污染物排放量增加,平原河网水系水污染问题严重。本研究选择苏南长江流域典型平原河网区雪堰镇和苏北沿海平原河网区长荡镇为代表性研究区域,雪堰镇工业、农业和第三产业发达,为经济发达地区；长荡镇地处我国重要的粮棉生产基地,农业是当地重要经济支柱。雪堰镇和长荡镇农田、畜禽养殖及农村生活产生的污染物处理率低,农业非点源污染相对较重,也带来了较大的经济损失。本研究对平原河网区农业非点源污染问题进行了初步研究,估算了农业非点源污染负荷量,比较分析了两个代表性城镇农业非点源污染差异,并首次运用环境经济学方法对研究区农业非点源污染经济损失进行估算,为制定水污染防治重点区域和估算非点源污染经济损失提供技术依据。本文在总结国内外农业非点源污染研究进展的基础上,选择资料易得、计算简明的Johnes输出系数法对雪堰镇和长荡镇农业非点源污染负荷进行估算,分析比较了两镇农业非点源污染的差异,利用影子工程法和替代价格法对农业非点源污染带来的经济损失进行了量化分析。研究结果表明：雪堰镇2008年农业非点源污染总氮(TN)、总磷(TP)、化学需氧量(COD)产生量分别为140265kg、21447kg、607430kg；入河量分别为66970kg、6722kg、275781kg。长荡镇2010年农业非点源总氮(TN)、总磷(TP)、化学需氧量(COD)产生量分别为922453kg、325509kg、3892290kg;入河量分别为217600kg、40756kg、806467kg。长荡镇农业非点源污染明显比雪堰镇严重。由于两地产业结构、农业耕作模式、农户生产生活习惯、污染物处理率以及政府管理力度的不同,雪堰镇与长荡镇农业非点源污染存在较大差异。雪堰镇农业非点源总氮(TN)、化学需氧量(COD)主要来自于农村生活,所占比例分别为53.2%、54.0%,总磷(TP)主要来自于畜禽粪便,比例为62.3%。从各项污染指标来看,农村生活和畜禽粪便是雪堰镇农业非点源污染产生的主要来源,农田径流污染所占比重最小。长荡镇农业非点源总氮(TN)、总磷(TP)、化学需氧量(COD)主要来自于畜禽粪便,所占比例分别为74.3%、94.9%、78.1%,然后依次是农村生活、农田径流。由于农业种植面积、畜禽养殖数量、农村人口数量的不同,雪堰镇和长荡镇农业非点源污染地域差异较大。雪堰镇绣衣村农业非点源产生总氮(TN)、总磷(TP)、化学需氧量(COD)最多,分别占总排放量的11.5%、17.7%、12.8%,然后依次是东洋湖村、万寿村。长荡镇胜利桥村农业非点源污染最严重,其总氮(TN)、总磷(TP)、化学需氧量(COD)排放量分别占总排放量的21.8%、28.0%、22.5%,然后依次是甲侯村、东厦村。雪堰镇2008年和长荡镇2010年农业非点源污染经济总损失量分别为243.0万元、723.6万元。长荡镇各类农业非点源污染经济损失量远大于是雪堰镇。雪堰镇农村生活污染经济损失占主导地位,比例为67.3%,然后依次是土壤侵蚀、畜禽养殖污染,分别占21.7%、11.0%。长荡镇畜禽养殖污染损失最大,占50.3%,然后依次是农村生活污染、土壤侵蚀,比例分别为36.0%、13.7%。雪堰镇和长荡镇农业非点源污染经济损失地区分布差异较大,绣衣村是雪堰镇农业非点源污染经济损失最大的区域,然后依次是共建村和东洋湖村。长荡镇胜利桥村农业非点源污染经济总损失最大,然后依次是甲侯村和东厦村。