目的:以mt LSU rRNA和ITS1-5.8SrRNA-ITS2两种基因为分子标记,构建系统发育树,探讨肺孢子虫与宿主的进化关系以及属的分类地位。方法:采用按动物实际体重定量皮下注射地塞米松法诱导实验动物(SD大鼠、ICR小鼠、长爪沙鼠、新西兰白兔、C57BL/6N小鼠和豚鼠)感染肺孢子虫。收集实验动物肺泡灌洗液、肺组织、临床疑似病例痰液样本。提取肺孢子虫总DNA。设计合成扩增2个目的基因PCR引物,检验其特异性和敏感性。扩增目的基因,产物直接或克隆测序,分析比较序列的同源性和进化距离。结合GenBank中相关基因序列构建分子系统发育树。结果:从建立的PCP动物模型及临床病例样本获得了肺孢子虫DNA。获得了4种宿主该虫mt LSU rRNA基因5个序列,其中人1和长爪沙鼠肺孢子虫的该基因序列未见报道。获得4种宿主该虫的ITS1-5.8SrRNA-ITS2基因4个序列,其中长爪沙鼠和新西兰白兔肺孢子虫的该基因序列未见报道。构建了肺孢子虫系统发育树。结论:按动物实际体重定量皮下注射地塞米松方法建立了低死亡率PCP动物模型。PCR检测mt LSU rRNA基因法对PCP检测可行。肺孢子虫具有遗传多样性和宿主特异性,与其宿主之间呈协同进化关系。长爪沙鼠和新西兰白兔肺孢子虫可能是该属中独立的“种”。肺孢子虫属归属于真菌界的子囊菌门。