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本文对鸡DNA甲基化组织特异性及亲本与子代甲基化差异性进行了研究。结果如下：
(1)为了更准确灵敏地检测基因组水平的DNA甲基化状态，使用荧光标记替代甲基敏感扩增片段多态性(MSAP)方法中的同位素标记，优化了实验条件，建立了荧光标记的甲基敏感扩增片段多态性方法(F-MSAP)。
(2)根据F-MSAP扩增片段在泳道的出现情况，个体基因组的甲基化模式可分为三类：TypeⅠ，在两个泳道都出现为非甲基化模式；TypeⅡ，只在MspⅠ泳道出现为全甲基化模式；TypeⅢ，只在HpaⅡ泳道出现为半甲基化模式。
(3)以F-MSAP方法检测了鸡肌肉、心脏、肝脏和肾脏4个不同组织基因组在CCGG位点的甲基化状态。肌肉组织的甲基化程度约为29.4％，肝脏组织约为27.2％，心脏组织的约为27.2％，肾脏组织的约为26.1％。
(4)以F-MSAP方法检测了AA、EE、EA、F1AA、F1EE以及F1AE三个组合基因组CCGG位点的甲基化状态以及每个组合中亲本与子代的甲基化差异模式。
(5)进一步对三个组合进行比较，研究发现：AA和EE两个纯种组合的双亲和子代的甲基化水平没有差别，而杂种组合EA的F1子代低于两个亲本。
(6)随机抽取三个组合不同家系的F1代各30个个体，以F-MSAP方法进行检测。结果显示：杂种F1EA基因组的甲基化程度(31.4％)低于纯种F1AA(35.7％)和F1EE(32.6％)；在F1EA、F1AA和F1EE基因组中共检测到537个甲基化多态位点。
(7)进一步将三个子代在537个位点上的甲基化模式进行比较：杂种与2个纯种相比，甲基化程度相同的模式约为65.9％，甲基化程度增强的模式约为4.0％，甲基化程度降低的模式约为30.1％。
(8)在甲基化程度相同的模式中，F1EA与F1AA一致的模式为36.7％，与F1EE一致的模式为63.3％。说明F1EA群体与F1EE群体基因组的甲基化状态更为一致。
(9)获得了15个亲本与子代甲基化差异片段，BLAST比对结果表明与GenBank中的鸡基因组序列高度同源，在基因组编码区与非编码区发生甲基化模式变化的片段数相近。