方以智是一个杰出的博物学家、思想家。其思想中蕴涵着丰富的科学精神。但长期以来，学者对方以智思想，尤其是他的科学思想，一直缺乏应有的研究。本文在梳理前人有关研究的基础上，比较系统地论述了方以智思想中的科学精神。本文认为，由于方以智努力学贯中西，所以在他的学术创造中，较好地实现了中国传统科学精神与西方近代科学精神的融会贯通。而由这一融会贯通所产生的方以智思想中的科学精神，可以具体概括为三点：善疑善信的纯粹求知态度；贵博贵通的立知原则；“质测”、“通几”并用的证知方法。由这三点所体现的方以智的科学精神，无疑是明末清初时代之科学精神的典型体现，不但反映了当时学者们对科学精神的共同追求，又反映了他自己之知识理性的独特取向：以怀疑作为证知扩信的基础，以贵博贵通为原则来会通所证得的知识，以“质测”和“通几”作为证知与会通所知的方法。这三者有机联系，辨证统一，体现了方以智作为一个思想家的哲学智慧。