云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmoratus),俗名笋壳鱼,是原产于泰国、马来西亚、印度尼西亚等东南亚国家的名贵淡水鱼类。本实验采用磁珠富集法对云斑尖塘鳢微卫星标记进行筛选和检测。用已开发的微卫星标记对云斑尖塘鳢亲本群体(F)、子一代群体(F1)、子二代群体(F2)的遗传关系进行研究,并结合线粒体D-loop基因共同分析了越南、海南、广东3个地域云斑尖塘鳢群体的遗传多样性,同时也用本实验开发的微卫星对线纹尖塘鳢、河川沙塘鳢群体进行了跨种适用性分析。主要结果如下：(一)云斑尖塘鳢微卫星分子标记的筛选与检测用磁珠富集法分离云斑尖塘鳢的微卫星序列。从所获得的1032个克隆中筛选出146个阳性克隆,经测序81个含有微卫星序列,其中43个重复次数在10个以上。52个为完美型,27个为非完美型,2个为复合型。获得的云斑尖塘鳢微卫星序列中除CA重复单元和GA重复单元外,还有TAC等其它类型的重复单元。设计合成38对微卫星引物,其中29对引物可稳定扩增出条带,使用这些引物对云斑尖塘鳢48个个体进行检测显示：观测杂合度(Ho)平均值为0.63,期望杂合度(He)平均值为0.43。29对引物中1对引物表现为单态,7对表现为高度多态,14对表现为中度多态,7对表现为低度多态,多态性较为丰富,说明开发的绝大部分微卫星分子标记较为理想。(二)线纹尖塘鳢(早)、云斑尖塘鳢(♂)及其杂交、回交子代遗传变异的微卫星分析用20对微卫星引物对线纹尖塘鳢(早)、云斑尖塘鳢(♂)及其杂交、回交子代的遗传变异进行分析。结果表明：20对引物在4个群体中共检测出87个等位基因,平均等位基因数以线纹尖塘鳢最低(1.6087),杂交子代F1最高(2.9130)；平均有效等位基因数依次为云斑尖塘鳢(2.2570)>杂交子代F1(2.1516)>回交子代F2(2.1061)>线纹尖塘鳢(1.5164)；在4个群体中平均观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)和香农指数(I*)4个参数的变化范围分别为：0.4891·0.7767、0.2714·0.5193、0.3473·0.4458和0.3662·0.7993。其中,各参数均为线纹尖塘鳢群体最低,平均观测杂合度和香农指数杂交子代F1最高,平均期望杂合度回交子代F2最高,多态信息含量云斑尖塘鳢群体最高,且各群体的平均观测杂合度均高于平均期望杂合度；哈代—温伯格平衡的x2检验结果表明绝大多数位点发生了偏离(P<0.05)；根据Nei’s遗传距离建立的UPGMA聚类图表明：杂交子代F1和回交子代F2聚为一支后再与线纹尖塘鳢聚为一支,而云斑尖塘鳢为另一支,并且无论是杂交还是回交均表现了一定的母本效应。(三)微卫星结合线粒体D-loop基因分析云斑尖塘鳢不同地域群体遗传多样性用微卫星结合线粒体D-loop基因共同分析越南、海南、广东3个地域云斑尖塘鳢群体的遗传变异和群体结构。线粒体D-loop基因的研究结果表明：91个个体中共发现20个单倍型,其中h20分布最为广泛,占总个体数的61.5%。单倍型多样性h和核苷酸多样性π分别为61.6%和0.311%。根据单倍型信息构建的NJ树并不能明显地将三个群体区分开来。微卫星研究结果显示：3个群体的期望杂合度范围是0.472-0.504,多态信息含量范围是0.454-0.497。海南群体和广东群体之间的遗传距离最小,符合地理分布。无论是线粒体D-loop基因还是微卫星研究均表明遗传变异多来自与群体内部,而群体间的变异则较小。(四)云斑尖塘鳢微卫星标记在两种虾虎鱼亚目鱼类群体间的适用性研究利用已开发的14对云斑尖塘鳢微卫星标记在线纹尖塘鳢及河川沙塘鳢种群间进行通用性分析。结果显示,14对云斑尖塘鳢微卫星标记在线纹尖塘鳢(Oxyeleotris lineolatus)群体均能扩增出特异性条带,在河川沙塘鳢(Odontobutis potamopgila)群体中也有10对引物可稳定扩增,其中9对在线纹尖塘鳢群体中具有高度多态性,6对在河川沙塘鳢中群体中具有高度多态性。通过这10对通用微卫星标记检测3个种群的平均观测杂合度(Ho)为0.3416,平均期望杂合度(He)为0.5788,平均多态信息(PIC)含量为0.5369。同时获得3个有着较高的通用性微卫星位点(H27、H142和H97),平均PIC值均大于0.5,具有高度多态性,在3种虾虎鱼亚目鱼类中具有较高的通用性,这3个位点在3种虾虎鱼亚目鱼类之间共检测得到6-22个不等的等位基因,并获得1个可以用于鉴别沙塘鳢属与尖塘鳢属的特异基因型的等位基因位点(H97)。因此,通过现开发的云斑尖塘鳢微卫星标记,来获得适用相近物种的微卫星标记是可行的。