目前，农民专业合作社已成为具有全球性的普遍经济现象之一。国际合作经济发展的实践证明，政府行为对农民专业合作社的发展具有重要影响，在农民专业合作社发展中，要充分重视政府的作用。从我国的情况来看，2008年党的十七届三中全会明确指出，我国已进入以工促农、以城带乡的发展阶段，进入加快改造传统农业、走中国特色农业现代化道路的关键时刻。当前，我国农业经济的基本矛盾已发展成为小农生产与大市场经济之间的矛盾，如何适应市场经济的要求，寻找农业生产的制度和组织创新，再次解放农村生产力成为最迫切的问题，而农民专业合作社在这方面可以发挥积极和有效的作用，2007年7月1日《中华人民共和国农民专业合作社法》的正式颁布实施，进一步确立了农民专业合作社的法律地位。但国际合作社发展以及我国自身的经验都表明，要使农民专业合作社得到持续和健康的发展，政府行为必须得到规范，政府职能必须得到合理的定位。 本文从农民专业合作社的基本理论、政府与农民专业合作社关系的基本理论出发，对瑞安市农民专业合作社发展中的政府行为进行了实证分析，指出政府行为缺位、越位和争位不规范问题；从政府自身和农民专业合作社两个方面分析了原因，运用鱼骨图法测定了这些原因对政府行为的影响程度。选取农民专业合作社较为发达的美国和与我国有很多相似之处的日本作为典型，分析了两国农民专业合作社发展中政府行为的主要特点，并在此基础上总结了可供借鉴的经验，并对瑞安当地政府改善政府行为提出了相关建议。