大学习惯被学界称为“高深学问有机体”。但是，20世纪初开始，大学在迎合社会的各种需求中，盲目地进行扩张，职能不断增加，目标和理念走向世俗化、多元化。庞大的组织形式以及内部的运行机制逐步脱离了最初的轨道。这样，使得一心从事高深学问研究，尤其是进行基础、理论研究的学者失去了思索空间。另外，大学内部学科随着科学的发展不断变化，从一定意义上讲，既限定了自身的发展，也阻碍了知识的创新。为此，我们需要构建一种不受外界干扰的、专门进行高深学问探索的有机体，来弥补大学的不足。而高等研究院制度是在众多需求中建立起来的新型组织模式。本研究，笔者以“普林斯顿高等研究院的组织运行机制”为题展开讨论，为我国大学建设高等研究院工作提供现实依据。本文分为六个部分。第一部分，从大学职能多元化、学科不断细化等问题入手，揭示了大学不再是真正意义上的“高深学问有机体”，从而引出以普林斯顿高等研究院为典型的高等研究实体出现的必然。第二部分，首先介绍了以约翰·霍普金斯大学为主的早期研究型大学对普林斯顿高等研究院的影响；其次指出普林斯顿高等研究院迅速建立离不开“教育家、慈善家、天才”的有机组合；最后两小节分别对它的三次“政变”、及其组织发展进行简单梳理。第三部分，对普林斯顿高等研究院的组织结构进行深入分析。分别从决策机构、监督执行机构、行政机构、学术运行的二维结构四方面分析各个组织的构成及其相应职能，并得出普林斯顿高等研究院组织结构的特点：（1）小型的组织规模（2）以“大师”为中心（3）内部人员的频繁流动性。第四部分，为论文的核心。（1）以“理论研究和高深知识探索”为理念的目标管理机制小节，首先对普林斯顿高等研究院所从事的高深学问进行界定，然后从人才聘用机制和目标评估机制两方面介绍了普林斯顿高等研究院目标管理的重要措施（2）以“好奇心为驱动”的动力发展机制小节，指出好奇心和热情只有在健康、和谐的环境中才能更好地发挥它的作用，论述了普林斯顿高等研究院如何为学者的“好奇心”提供良好的氛围（3）有力的捐赠保障机制小节，首先从整体角度说明普林斯顿高等研究院的外部保障——美国捐赠文化与制度保障，然后具体分析了普林斯顿高等研究院内部的捐赠管理系统（4）“独立——半开放”的交流合作机制小节，首先从法律角度论证了普林斯顿高等研究院是一个独立的法人单位，然后介绍了与普林斯顿大学的关系，最后介绍了普林斯顿高等研究院的项目合作情况。第五部分，分析了普林斯顿高等研究院组织运行中面临的困难与危机，即财政困难、纯科学研究的长期性与用人机制短暂性之间的矛盾、“名师效应”的负面影响、“大师”型的人才危机，这些也成为制约高等研究院发展的重要原因。结语部分，纵使普林斯顿高等研究院在运行中存在一定的困难，但至今仍为一所健康的组织，可见，普林斯顿高等研究院不愧为真正的“高深学问”有机体。反观我国高等研究院建设中存在的问题：资金问题、人才问题、与大学的关系问题、价值取向问题，揭示了我国高等研究院与普林斯顿高等研究院的差距。最后，提出建议：（1）我国高等研究院能否赶上或者超过普林斯顿高等研究院在于其能否召集到优秀的人才，而召集优秀人才的关键在于高等研究院能否继续为他们提供良好的运行保障机制；（2）对于普林斯顿高等研究院本身而言，在保持“学术天堂”的独特性和优势地位的同时，还应该适当打破内部的“宁静与和谐”。