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棉花作为纤维的重要来源，是一种重要的经济作物，在世界经济中发挥着重要的作用。cDNA文库构建和筛选是基因克隆的重要方法之一，它是目前发现新基因和研究基因功能的基本工具，从cDNA文库中可以筛选到目的基因，并直接用于该基因的表达。本研究中构建了海7124-3到6DPA胚珠(含纤维)的cDNA文库，并从cDNA文库中随机挑取了1万多个单克隆进行5端测序，得到了EST序列，并对EST序列进行功能预测与代谢分析、EST- SSR分析、定位及作图。
1.海7124 cDNA文库的构建及随机测序
利用clontech公司的SMART技术构建了海岛棉海7124-3～6DPA的胚珠(含纤维)的cDNA文库，从构建的海7124 cDNA文库中随机挑取了11，970个单克隆使用载体上的通用引物T7进行5端测序，获得9，034条序列，利用chromas软件对测序得到的序列进行分析，一共获得8，783条＞500bp序列。使用Cap3程序对经过分析后的序列进行拼接，获得3，505条Unigenes。
将3，505条Unigenes分别与网上下载的陆地棉TM-1数据库中的32，190条EST序列进行BLASTn分析序列相似性，E-value＜le-100，其中有1，110(31.67％)条EST在TM-1数据库中能找到相似性的序列，有2，395(68.33％)条在TM-1中找不到相似性的序列；再与网上下载的棉花的所有EST序列共281，233条进行BLASTn分析序列相似性，E-value＜le-100，其中有3173(90.53％)条EST在棉花所有EST序列数据库中能找到相似性的序列，有332(9.47％)条在棉花所有EST序列中找不到相似性的序列。
2.Unigenes的功能分析和代谢分析
将获得3，505条Unigenes利用BLAST2GO在线软件进行功能分析和代谢分析，结果显示，在代谢途径分析中，有1574条(44.9％)EST有代谢途径的，其中碳水化合物代谢(314，19.9％)最多，其次是氨基酸代谢(246，15.6％)；在功能分析中，将已知功能的EST按照细胞组分、分子功能和生物进程分为三大类，在细胞组分一类中，大多数被归类为细胞(cell，59％)和细胞器(organelle，26％)两类；在分子功能的分类中，结合(binding.41％)和催化活性(catalytic activity，37％)居多；在生物进程的分类中，分为细胞进程(cellular process，30％)和代谢进程(metabolic process，26％)的比较多。
3.EST-SSR标记的开发及定位
将这3，505条Unigenes应用于EST-SSR分析，利用AutoSSR软件的分析获得了191条(11.38％)含SSR的序列，其中包含有208个SSR，利用primer3在线对这191条EST序列中设计了52对SSR引物，首先对作图群体的亲本TM-1和海7124进行引物的筛选，检测设计引物的多态性，获得了23对有多态性的SSR引物，将有多态性的SSR引物再检测它们在海7124和TM-1回交群体BC1中的分离情况，除去分离结果不理想得5对引物，共有18对引物产生了19个多态位点，并分别定位到10条染色体上，再应用于BC1群体的图谱构建。