基因组印记是一种表观遗传现象，是指来自亲本的等位基因在发育过程中产生专一性表观遗传修饰而使基因表达具有亲本特异性。印记基因表达紊乱会导致哺乳动物胚胎和胎盘的发育异常。通过包括体细胞核移以及体外受精等辅助繁殖技术得到的动物中，存在着和印记基因异常表达的遗传病人及印记基因定点敲除的小鼠中类似的表型异常。尽管牛是人们用辅助繁殖技术进行生产的最普遍的物种之一，而且胚胎、胎盘发育异常在核移植以及体外受精牛中经常发生，然而由于缺少印记基因序列以及多态性信息，印记基因在牛中的研究却还很少。　　 Dlk1-Dio3印记区域由于在胚胎发育、细胞分化过程中的重要作用而备受关注。Meg9基因是位于该印记基因簇内，在鼠中被鉴定的母系表达的非编码RNA基因，在牛中，Meg9基因序列结构以及印记状态还没有被研究。　　 本研究首先利用生物信息学方法对牛Meg9基因进行了预测和分析。应用已知羊的Meg9基因在NCBI及UCSC数据库中搜索相似性较高的牛的EST序列，得到EST重叠群，拼接结果发现，牛Meg9基因包括三种可变剪切形式，命名为Meg9-p1、Meg9-p2和Meg9-p3。其中Meg9-p1剪切体与羊的Meg9基因(GenBank:AF354168)高度相似，相似性为92％，与鼠(GenBank:EU616813)和人(GenBank:NR_047664)的相似性分别为46％和35％。将拼接序列与牛基因组序列比对发现牛Meg9基因DNA全长约5 kb，cDNA包括3个外显子。牛Meg9基因5侧翼区未发现与Kozak规则相匹配的翻译起始序列，推测该基因是一种非编码的RNA基因，可能作为一种RNA分子调控靶基因的转录。　　 根据预测的牛Meg9基因的cDNA序列设计特异性引物，得到Meg9基因3种可变剪切体(Meg9-c1、Meg9-c2和Meg9-c3)，RT-PCR方法分析3种可变剪切体在牛心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪7个组织中的表达，结果发现，Meg9-c1剪切体在牛的肝、脾、肾和肌肉中4个组织中表达，剪切体Meg9-c2则在心、肝、脾、肺、肾和肌肉表达，而Meg9-c3仅在肝、肾和肌肉3个组织中表达。说明Meg9基因的可变剪切体在成年荷斯坦奶牛中的表达具有组织特异性，在肝、肾和肌肉中3个组织中的3种可变剪切体均有表达。　　 印记基因是指二倍体基因组中表达有亲本选择性的一些基因，即只有来自父本或母本的等位基因表达。在进行印记基因表达分析时通常用单核苷酸多态(singlenucleotide polymorphism，SNP)来区分亲本的等位基因。本研究利用PCR产物直接测序法方法在Meg9基因的核心片段(GenBank:KC337115)第165bp位置上找到一个SNP位点(C/G颠换)，应用RT-PCR产物直接测序法检测Meg9基因在杂合子牛的等位基因特异的表达状态，发现Meg9基因在成年牛心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪7个组织中均为单等位基因表达，表明Meg9在牛中为印记基因。