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浮游植物是海洋生态系统重要的初级生产者，同时也是有害藻华等生态灾害的原因生物，由于研究手段的限制，人们目前还无法以高时间分辨手段探讨浮游植物群落的演替及其机制问题。浮游植物原位观测技术为上述科学问题的解决提供了技术平台，但离其现场应用尚存在诸如便携性、稳定性、续航能力等问题。本研究以具显微成像功能-CytoSub（原位流式细胞仪）为主要分析仪器，采用实验室单种培养的浮游植物为参照，开展了类群划分、粒级和生物量估算等应用技术研究;同时应用该技术并结合多参数环境参数探头与叶绿素活性荧光仪技术，开展了厦门湾表层水中浮游植物群落组成（类群、粒级和碳生物量）时空变动的研究。取得如下主要结果: 通过103株单种藻类的测试结果得到了浮游植物类群的流式谱图，选取了红色荧光、橙色荧光和前向散射的积分值作为浮游植物类群聚类参数，共划分出甲藻和链状硅藻类群(Micro-级)、单细胞硅藻类群(Nano-级)、绿藻类群（Nano-级）、隐藻类群(Crypto)、聚球藻类群(Cyano)和其他蓝藻类群(Cyano)，为原位观测数据提供类群划分的参照与佐证。 厦门湾水域表层水的浮游植物与单种藻类的流式谱图信息比对后共聚类识别出7个浮游植物类群，分别是蓝藻类Cyano1、Cyano2、Cyano3，隐藻类Crypto，Nano-级(Nano1、Nano2)和Micro-级浮游植物。通过流式细胞仪(CytoSub)显微成像图像对以上7种浮游植物类群的细胞粒径进行了校准，并通过细胞体积转换碳含量来表征生物量。周年分布上，蓝藻类Cyano3和Nano1类群在细胞丰度上占优势，Nano2和Micro1类群占据生物量优势，而在秋、冬季蓝藻类生物量所占比例有所提升，其丰度也占主要优势。Nano1、Nano2、Micro1和Crypto类群是碳生物量的主要贡献者，并且和营养盐的浓度呈负相关，在春夏成为优势类群并且抑制了蓝藻类的增殖。不同站位之间浮游植物类群分布无显著性差异;并且不同站位的Shannon-Wiener多样性指数亦无显著性差异，但是在温度较高和光照较强的春夏季节具有高值，其中冬季时多样性指数也随着蓝藻类的增殖出现高值。