同一些传统的程序设计语言相比，MATLAB在矩阵运算方面有着明显的优势，良好的商业化和通用性使得MATLAB能不断吸取最优秀的软件设计思想，其功能的更新和发展速度是有目共睹的，特别是灵活的数据可视化功能以及用户图形操作界面设计使得该软件表现出强大的生命力。由于MATLAB在上述几个方面的优势，国外很多加速器已经开展了将MATLAB应用到加速器控制及相关物理应用研究中。本论文也选择MATLAB作为系统开发工具。 合肥光源(HLS)是一个专用的同步辐射光源，其电子储存环的能量为800MeV。在储存环中存在多种非理想因素，如磁铁元件的制造误差和安装误差、高频腔RF频率的变化等，这些因素使得束流的实际轨道与原来设计的理想轨之间存在偏差，即所谓闭轨畸变。闭轨畸变通常会引起诸多负面效应，对于同步辐射光源而言，这些负面效应是极为不利的。因此，必须对束流闭轨畸变进行校正。本论文在束流闭轨校正的理论基础上开发了基于MATLAB的束流闭轨校正系统，并改进了响应矩阵的测量方法，以获得比较精确的响应矩阵，而精确的响应矩阵是进行轨道校正和其它相关物理应用工作的基础。 论文中进行的其它相关物理应用研究如下：(1)色散函数的测量。色散函数是表征束流品质的重要参数之一，论文中开发了一个色散函数测量程序，其测量结果与理论值符合较好。(2)LOCO的初步应用。LOCO(LinearOpticsfromClosedOrbits)是一种拟合储存环光学参数的算法，它根据实测的数据来标定束流的Lattice参数和其它参数。合肥光源的储存环在插入wiggler后束流品质下降，论文中描述了使用LOCO进行了Lattice参数补偿的过程，并给出实际补偿结果。