改革开放以来，我国法院体系建设取得了巨大成绩，初步形成了具有中国特色的法院组织体系。但存在的问题也不少，比如审判权地方化、法院行政化和法官职业的大众化等问题，一直困扰着我国法院的建设和发展。当前，我国正处于社会发展的战略机遇期，市场经济建设和民主法治建设都对法院体系改革提出了艰巨的任务和创新要求。随着司法体制改革的步步深入，设置符合实践需要的法院司法管辖区已成为亟待研究和解决的问题。打破以往法院设置与行政区划完全重合的格局，在普通的“一揽子”法院之外设立特殊的专门人民法院以及适当突破普通法院与行政区划的比照设置模式成为我国法院体系改革的攻坚方向之一。为此，本文坚持在科学发展观的指导下，结合公共管理学科的组织结构理论，分析了我国法院体系存在的问题及其原因，结合我国的基本国情，参考域外法院的体系建构及其发展方向，提出增设依事务管辖的专门法院和建立跨行政区域高级法院的政策建议，同时强调要注重配套改革。在坚持党的领导和宪法框架下，试图就完善我国法院体系的改革提出建设性意见。