CCR4-NOT复合物在生物体中具有重要的作用，它在真核生物中高度保守，并参与不同细胞水平基因表达的调控过程。其复合物有九个亚基构成，各自具有独特的生物学功能。这其中，CNOT9亚基在物种进化上表现出很高的保守性，具有臂状(ARM)重复结构单元，表面带有正电荷的凹槽能够结合寡聚核苷酸，但最近有报道发现，CNOT9对poly(G)、poly(C)及poly(T)亲和性远远大于poly(A)。以前的研究发现CNOT9在体外可以抑制CNOT7的脱腺苷酸化酶的活性，但两者之间并没有直接的相互作用，由此推测CNOT9发挥调控作用的机制可能与核苷酸的结合相关，但尚未得到CNOT9与寡聚核苷酸复合物的结构，无法深入探讨调控机制。　　在铜绿假单胞菌中，生物膜的形成是建立慢性感染和在宿主体内存活的关键，并且还与细胞通讯和生长有紧密联系。铜绿假单胞菌PA14中的酪氨酸磷酸酶TpbA可以被分泌到周质中，连接了胞外群体效应信号与EPS（胞外多糖）的产生，并通过对c-di-GMP的负调控来调节生物膜形成，此外胞外DNA(Extracellular DNA，eDNA)与c-di-GMP浓度成反比例，TpbA可通过降低c-di-GMP浓度，从而作为eDNA和细胞溶菌作用的正调控物发挥作用。TpbA是一个双重特异性酪氨酸磷酸酶，在体内，它可以控制TpbB在酪氨酸和丝氨酸/苏氨酸残基上的磷酸化，在体外，使用纯化的酶可以证明TpbB是TpbA的底物。因此，TpbA可通过对TpbB的去磷酸化导致其失活，从而引起c-di-GMP产量减少。作为胞外群体效应信号与生物膜形成之间的重要连接物，TpbA可能是一个潜在的控制细菌行为甚至作为药物开发的靶点。　　本论文第一部分利用结构生物学手段，采用多种蛋白质分离纯化的方法，经过蛋白质结晶条件的筛选，获得高质量蛋白晶体。通过X射线衍射技术，解析得到了CNOT9-poly(G)、CNOT9-GMP底物复合物的晶体结构，分辨率分别为2.3(A)和2.25(A)，CNOT9-poly(G)复合物结构显示在正电荷凹槽处存在底物密度但无法确定其为DNA，暗示出核苷酸与CNOT9的结合可能是非特异性的;CNOT9-GMP复合物结构揭示出单个核苷酸与正电荷凹槽处的结合位点，并在晶体结构中观察到另外三处结合位点。通过多序列比对发现，结合位点处残基高度保守，推测与CNOT9与核苷酸结合的能力是进化过程中重要的保守的功能。　　本论文的第二部分我们根据已经得到的结构设计CNOT9的特殊突变体，通过体外研究CNOT9与CNOT9突变体对比发现，天然CNOT9不会抑制CNOT7的脱腺苷酸化酶活性，自己还单独具有比CNOT7强度稍弱的脱腺苷酸化酶活性，而突变体则在这方面活性有不同程度的降低，这显示了这些重要位点的确对于CNOT9的脱腺苷酸化酶活性有重要的影响。这一发现改变了我们以前对于CNOT9亚基作用的看法，暗示CCR-NOT4蛋白复合体在脱腺苷酸酶活性方面有可能存在更多可能性。　　本论文的第三部分利用结构生物学手段，同样采用各种蛋白质分离纯化的方法，经过蛋白质晶体的筛选，获得了高质量的蛋白质晶体。通过X射线衍射技术，解析得到了TpbA野生型、TpbA-磷酸底物复合物以及突变体TpbA(C132S)-磷酸酪氨酸底物复合物的晶体结构。经过结构对比发现与过去报道过的无底物结合状态的结构相比，底物结合状态的蛋白构象发生了很大改变。另外，我们还检测出TpbA对于从TpbB中分离出的两条包含磷酸酪氨酸的短肽有催化活性，动力学分析表明TpbA对于Tyr48的催化活性大于Tyr62.这些发现为DUSP家族结构增添了新的内容，为研究TpbA在生物膜形成中发生的作用揭示了一些线索。