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猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea, PED)是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)引起的,是猪的一种高度接触性肠道传染病,其主要特征为严重的肠炎、呕吐、腹泻、脱水及对哺乳仔猪高致死率。该病在世界范围内分布非常广泛,给世界养猪业造成了严重的经济损失。从2010年12月起,我国许多省份的猪场相继发生了严重的腹泻(疑似感染PEDV),发病率高,且死亡率也非常高。介于此,本课题组于2011年,采集了来自全国10个省2个直辖市共55个发生严重腹泻猪场的仔猪小肠及粪便共219份,通过胶体金和RT-PCR等一系列实验方法对其进行了检测,确定其发病原因,最终结果表明单独感染PEDV的猪场有9个,占猪场总数的16.36%；与TGEV、PoRV混合感染的猪场有29个,占猪场总数的52.73%。被检测的219份病料中,单独感染PEDV的病料有73份,占病料总数的33.33%；与TGEV、 PoRV混合感染的病料有61份,占病料总数的27.85%；其余腹泻病猪发生腹泻的病原为其他肠道病病原。总计69.09%的猪场存在PEDV的感染,61.19%的病料PEDV检测为阳性。结果表明：在我国腹泻病原中,PEDV感染仍然占重要地位。本研究通过RT-PCR方法分别在PEDV检测为阳性的猪场中克隆了27株PEDV S基因、20株PEDV N基因和25株PEDV ORF3基因,并分别克隆到pGEM-T和pMD18-T载体上,最终筛选阳性重组质粒进行测序。并与参考毒株进行序列比较分析,构建系统发育树,说明本研究所获得的现地株与参考毒株的系统进化关系和遗传变异关系。27株PEDV S基因中,6株由4149个核苷酸组成,一株由4152个核苷酸组成,三株由4146个核苷酸组成,一株由4170个核苷酸组成,一株由4158个核苷酸组成,剩下的15株由4161个核苷酸组成。PEDV S基因核苷酸序列同源性为93.6%～99.9%。与参考病毒株S基闪核苷酸序列同源性为92.8%-100%。PEDV遗传变异的出现土要是由于S蛋白氨基酸的改变而导致的,土要原因是S1基因的多样性导致的点突变、插入、缺失和不同毒株之间的同源重组。与参考毒株相比,本研究所获得的27株S基因除了点突变,还存在插入、缺火和重组现象。其中17株S基因的插入、缺失位点及数目与韩国毒株KNU-0901等的插入、缺失位点及数目基本一致。糖基化位点分析表明：这17株糖基化位点的位置和类型,与KNU-0901等的位置和类型基本一致。构建的系统发育树表明：PEDV S基因共分为2群。17株本实验室于2011年获得的现地毒株和韩国毒株KNU-0901、KNU-0903亲缘关系密切；而另外10株及我国之前报道的JS-2004-2等与经典毒株CV777和疫苗株等亲缘关系密切。其生物学功能有待于进一步研究。本研究克隆的20株PEDV N基因,均由1326和核苷酸组成,核苷酸序列同源性为94.9%～100%,除了点突变之外,不存在插入和缺失位点。PEDV现地N基因仍然非常保守。构建系统发育树结果表明PEDV N基因共分为3群。本研究克隆的25株PEDV ORF3基因中,23株由675个核苷酸组成,编码244个氨基酸,另外2株由627个核苷酸组成,在245-293核苷酸处缺失49个核苷酸,只包含了一个由276个核苷酸组成的开放阅读框。根据ORF3基因的系统发育树,中国PEDV野毒株和PEDV参考株被分为3个群。中国PEDV野毒株(除CH/BJ/2011、CH/HLJHH-1/2011外)和韩国毒株有着密切的亲缘关系,而与疫苗株的遗传关系不同。然而,CH/BJ/2011、CH/HLJHH-1/2011和疫苗株的亲缘关系近。