在我国农业市场化、国际化发展的进程中，农民专业合作社实现了小生产与大市场的对接，是适应现代化市场竞争的产物。传统合作社的制度要求“惠顾者与所有者同一”，这是基于成员的相对同质性，但目前我们农民专业合作社的现实是:合作社“所有者”与“惠顾者”不一致，其根本原因是合作社成员在要素禀赋上的差异，即合作社成员存在明显的异质性特征。　　基于理性人假设，成员成立或加入合作社的根本目的是改善原先状态，获得更多收益。而合作社的盈余分配机制直接影响社员对合作社收益的剩余索取权，从而关乎合作社组织的存亡以及能否长期稳定地发展。因此，建立公平合理的盈余分配机制对于吸收新社员以及农民专业合作社的发展具有关键作用。作为农民实现自我服务的组织，合作社盈余按惠顾额返还是其区别于公司等其他组织的本质特征之一，但目前我国农民专业合作社盈余按股分红比例远高于按交易量返还比例。与我国《农民专业合作社法》中关于盈余分配的规定相差较大。　　本文从成员异质性的角度对我国农民专业合作社的盈余分配机制安排进行解释。首先对国内外合作社盈余分配及成员异质性的相关研究进行文献梳理，并归纳和总结研究成果;其次，运用合作博弈框架理论分析具有不同资源禀赋的成员参与合作利益分配的博弈行为;然后基于来自江苏、四川和吉林三省的调查数据进行实证研究;得出结论:(1)少数农民专业合作社有盈余分配机制，且盈余分配以按股分红为主。(2)我国农民专业合作社内部存在明显的异质性，成员间显著的异质性是导致合作社盈余分配更偏向股份的重要原因。合作社发起人股份比例普遍高于其交易量比例。而且股份比例越是高于交易量比例，合作社盈余分配中按股分红的比例就越大，按交易量返还的比例则越小。(3)现行的物质性支持政策也是合作社盈余分配偏向股份的重要原因。　　根据上述结论，本文得到以下启示:一是按股分红的分配方式有其合理性——按股分红实现了合作社企业家对合作社资本贡献的回报，而资本在广大农村不仅稀缺而且难以替代;二是盈余按股分红使得现实中的合作社偏离了合作社的本质规定。目前的物质性支持政策恰恰对此起到了推波助澜的作用。如果政策的目标是促进真正的合作社的产生和发展，则政策的重大调整应由物质支持转向制度建构。