目的:基于《黄帝内经》全书,探讨《黄帝内经》中天（五运六气）、地（五志六淫）、人（五体六质）“三因”与人体疾病的相关性及其发生发展与临床应用。方法:以人民卫生出版社2012年3月第一版的《黄帝内经素问》、《灵枢经》为底本;设定同气相求思想和天人合一思想,整体施治和辨证论治,以及气候、物候、病候统一于气候为三大标准;按照天（五运六气）、地（五志六淫）、人（五体六质）归类模式对《黄帝内经》的“三因观”理论择要进行篇章式、条文式汇总梳理。同理,选取中国知网近十年《黄帝内经》五运六气理论的相关现代研究文献进行汇总式梳理。结果:基于《黄帝内经》全书,以同气相求和天人合一思想为指导思想,以天、地、人“三因”分类为核心框架,以五运六气理论为核心理论,可创建《黄帝内经》“三因观”理论。从现代气候、物候、病候而论,《黄帝内经》“三因观”理论阐释的就是气候、物候和病候统一于气候。《黄帝内经》“三因观”理论中的“三”不仅仅是天、地、人的指代,最为重要的是对于天地自然界包括人在内的万事万物演化规律的表达,包含着中医学整体观念和辨证论治的理论内涵。《黄帝内经》“三因观”理论作为源于《黄帝内经》的理论体系,可用于临床疾病辨证、遣方用药,最为重要和关键的是可运用于疾病预防。疾病辨证,以个体人出生的年、月、日、时为依据,以十天干和十二地支为推演工具推算个体的先天生理的时空属性（五运六气）,以个体人发病的年、月、日、时为依据,以十天干和十二地支为推演工具推算个体后天病理的时空属性（五运六气）,结合个体人先天和后天的时空属性,判断疾病证型。疾病辨证,辨的就是个体人的五运六气属性。遣方用药,本质亦是在五运六气指导下选择和个体五运六气证型相对应的治法和方药。疾病预防的重点就是根据个体人的五运六气时空属性去规避风险。结论:《黄帝内经》“三因观”理论作为中医病因分类理论包括“因天观”理论——五运六气理论、“因地观”理论——五志六淫理论、“因人观”理论——五体六质理论。五运六气理论是指五运六气理论所阐释的天地自然界的运行转化客观规律对于包括人在内的万事万物的发生发展的整体作用和影响,五志六淫理论是指在五运六气时空属性影响下所形成的五运志和六气淫,五体六质理论就是指在五运六气影响下所形成的五运体和六气质。