众所周知，我国第一批上市公司的出现，被赋予建立和完善市场经济的使命，大多数是由国有企业改制上市而成。在这个制度变迁的过程中，中国上市公司股权结构呈现一种失衡状态，主要表现为股权高度集中，国有股一股独大。在这样的股权结构下，控股股东对上市公司有着重大影响，中小股东缺乏对控股股东的监督和制约。控股股东能够通过非公平关联交易操纵利润，掏空上市公司。这不仅直接损害了中小股东的利益，损害了上市公司的利益，同时也扭曲了财务信息，误导了投资者的判断，从而破坏了资本市场秩序，削弱了市场在资源配置中的基础性作用。在这样的背景下，如何有效控制我国上市公司非公平关联交易的频繁发生，就显得颇为必要，这个问题也是本文研究的重点。本文在描述我国上市公司非公平关联交易现状及特征的基础上，着重分析了上市公司股权结构与非公平关联交易的关系，提出了三个假设，分别为：非公平关联交易金额与控股股东数量呈负相关；非公平关联交易发生频率与第一大股东持股比例正相关；当公司存在一个以上的控股股东时候，控股股东持股比例越接近，非公平关联交易发生金额越低。通过实证检验，确认了假设的合理性。除此之外，本文还运用了规范研究的方法分析了内部控制制度与非公平关联交易之间关系。本文在综合运用了规范和实证两种方法进行分析的基础之上，针对我国上市公司非公平关联交易的现象提出了建议，包括股权分置改革，完善内部控制，合理确定关联交易转让定价以及加强监管等措施。其中，通过股权分置改革和完善内部控制是本文的重点，也是一个创新点，以前关于我国上市公司非公平关联交易现象的研究，大多数研究成果主要围绕在如何加强监管这一领域，本文则通过论证提出继续深化股权结构改革这一建议。如果不从股权结构改革着手，完善上市公司内部控制制度，仅仅依靠完善相关法律法规，加强监管，很难从根本上解决我国上市公司非公平关联交易的现象。